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- PDB-8gtl: Crystal Structure of Cytochrome P450 (CYP101D5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gtl
タイトルCrystal Structure of Cytochrome P450 (CYP101D5)
要素cytochrome P450 CYP101D5
キーワードTRANSFERASE / ionone / cytochrome P450 / chemical modification / heme oxidation
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas echinoides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Do, H. / Lee, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Korea)NRF-2019R1D1A3A03103903 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Analysis of a Cytochrome P450 CYP101D5 from Sphingomonas echinoides.
著者: Subedi, P. / Do, H. / Lee, J.H. / Oh, T.J.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome P450 CYP101D5
B: cytochrome P450 CYP101D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9384
ポリマ－91,7052
非ポリマー1,2332
水23413
1
A: cytochrome P450 CYP101D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4692
ポリマ－45,8521
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cytochrome P450 CYP101D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4692
ポリマ－45,8521
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.524, 109.573, 113.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 43 or resid 46...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 185 or resid 188 through 216 or resid 221 through 409))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRGLNA1 - 35
d_12ens_1ASPALAA38 - 80
d_13ens_1GLUGLYA83 - 206
d_14ens_1ASPASPA208
d_15ens_1ILETRPA210 - 397
d_21ens_1THRGLUB1 - 173
d_22ens_1THRGLYB176 - 204
d_23ens_1ASPTRPB206 - 394

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.971742103419, -0.159033955719, -0.174429026745), (-0.171515887997, 0.983419694168, 0.0588897723513), (0.162171466687, 0.0871430206691, -0.982907172291)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.971742103419, -0.159033955719, -0.174429026745), (-0.171515887997, 0.983419694168, 0.0588897723513), (0.162171466687, 0.0871430206691, -0.982907172291)
ベクター: -25.5903684593, 7.30399247457, -55.5054618165)

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要素

#1: タンパク質 cytochrome P450 CYP101D5


分子量: 45852.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas echinoides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 1.6 M ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→43.79 Å / Num. obs: 14555 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 92.37 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Num. unique obs: 1195 / CC1/2: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
Blu-Ice1.20.1_4487データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NV5

3nv5


解像度: 3.2→43.79 Å / SU ML: 0.6047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.1037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 1443 9.95 %
Rwork0.2624 13064 -
obs0.268 14507 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6254 0 86 13 6353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54788866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.95462430
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.72676268356 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.320.44671360.3691195X-RAY DIFFRACTION92.05
3.32-3.450.37971380.32761295X-RAY DIFFRACTION99.51
3.45-3.610.35751460.32811296X-RAY DIFFRACTION99.86
3.61-3.80.37161470.30531287X-RAY DIFFRACTION99.72
3.8-4.030.33571380.26931305X-RAY DIFFRACTION99.79
4.04-4.350.32791430.2531302X-RAY DIFFRACTION99.86
4.35-4.780.25761490.23351323X-RAY DIFFRACTION99.93
4.78-5.470.32011450.23991307X-RAY DIFFRACTION99.79
5.47-6.890.33471530.27091351X-RAY DIFFRACTION100
6.9-43.790.27461480.22881403X-RAY DIFFRACTION98.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.0889664131 Å / Origin y: 26.4089312208 Å / Origin z: -28.9711694004 Å
111213212223313233
T0.869720961475 Å20.0203353687987 Å2-0.0475038448102 Å2-0.556712934755 Å2-0.00707607865011 Å2--0.574349015637 Å2
L0.549818640423 °20.0615265613357 °2-0.978936163831 °2-0.158546419584 °2-0.219871492148 °2--2.29547718389 °2
S0.027089742302 Å °-0.00961270893033 Å °-0.0654129923525 Å °0.0827974056737 Å °-0.011946586894 Å °-0.0406471781399 Å °-0.0441872925127 Å °-0.020626683662 Å °-0.0260341482535 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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