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- PDB-8gtk: Crystal structure of IpaH7.8-LRR and GSDMB isoform-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gtk
タイトルCrystal structure of IpaH7.8-LRR and GSDMB isoform-1 complex
要素
  • GSDMB isoform-1
  • Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Effector / Pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host programmed cell death / effector-mediated activation of programmed cell death in host / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhong, X. / Hou, Y.J. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural mechanisms for regulation of GSDMB pore-forming activity.
著者: Xiu Zhong / Huan Zeng / Zhiwei Zhou / Ya Su / Hang Cheng / Yanjie Hou / Yang She / Na Feng / Jia Wang / Feng Shao / Jingjin Ding /
要旨: Cytotoxic lymphocyte-derived granzyme A (GZMA) cleaves GSDMB, a gasdermin-family pore-forming protein, to trigger target cell pyroptosis. GSDMB and the charter gasdermin family member GSDMD have been ...Cytotoxic lymphocyte-derived granzyme A (GZMA) cleaves GSDMB, a gasdermin-family pore-forming protein, to trigger target cell pyroptosis. GSDMB and the charter gasdermin family member GSDMD have been inconsistently reported to be degraded by the Shigella flexneri ubiquitin-ligase virulence factor IpaH7.8 (refs. ). Whether and how IpaH7.8 targets both gasdermins is undefined, and the pyroptosis function of GSDMB has even been questioned recently. Here we report the crystal structure of the IpaH7.8-GSDMB complex, which shows how IpaH7.8 recognizes the GSDMB pore-forming domain. We clarify that IpaH7.8 targets human (but not mouse) GSDMD through a similar mechanism. The structure of full-length GSDMB suggests stronger autoinhibition than in other gasdermins. GSDMB has multiple splicing isoforms that are equally targeted by IpaH7.8 but exhibit contrasting pyroptotic activities. Presence of exon 6 in the isoforms dictates the pore-forming, pyroptotic activity in GSDMB. We determine the cryo-electron microscopy structure of the 27-fold-symmetric GSDMB pore and depict conformational changes that drive pore formation. The structure uncovers an essential role for exon-6-derived elements in pore assembly, explaining pyroptosis deficiency in the non-canonical splicing isoform used in recent studies. Different cancer cell lines have markedly different isoform compositions, correlating with the onset and extent of pyroptosis following GZMA stimulation. Our study illustrates fine regulation of GSDMB pore-forming activity by pathogenic bacteria and mRNA splicing and defines the underlying structural mechanisms.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GSDMB isoform-1
B: Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8432
ポリマ－72,8432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.732, 102.732, 121.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 GSDMB isoform-1


分子量: 45002.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8 / Probable RING-type E3 ubiquitin transferase ipaH7.8


分子量: 27840.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipaH7.8, CP0078, pWR501_0084, SFLP133 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18014, RING-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.6 M Ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.3 Å / Num. obs: 13871 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 125.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 1.046 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2483 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.384 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GTJ

8gtj


解像度: 3.1→47.3 Å / SU ML: 0.6179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.7042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 1351 9.91 %
Rwork0.2657 12286 -
obs0.2681 13637 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 135.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 0 0 4528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01024602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30836223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0949723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0163805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.69561769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.210.50131350.47451216X-RAY DIFFRACTION99.56
3.21-3.340.48921290.43181217X-RAY DIFFRACTION99.7
3.34-3.490.44971370.37721226X-RAY DIFFRACTION99.93
3.49-3.670.38631300.37131134X-RAY DIFFRACTION91.86
3.68-3.910.3861300.33731150X-RAY DIFFRACTION94.12
3.91-4.210.34671340.29171235X-RAY DIFFRACTION99.64
4.21-4.630.27341400.26541244X-RAY DIFFRACTION99.93
4.63-5.30.26961330.22911259X-RAY DIFFRACTION100
5.3-6.670.3471440.2861256X-RAY DIFFRACTION100
6.68-47.30.19251390.20821349X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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