[日本語] English
万見
- PDB-8gth: Crystal strucuture of cyt c551 from anoxygenic phototrophic bacte... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gth
タイトルCrystal strucuture of cyt c551 from anoxygenic phototrophic bacterium Roseiflexus castenholzii
要素Cytochrome c class I
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c class I
類似検索 - 構成要素
生物種Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Min, Z.Z. / Meng, H.L. / Xu, X.L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171227 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870740 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570738 中国
引用ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2024
タイトル: A cytochrome c 551 mediates the cyclic electron transport chain of the anoxygenic phototrophic bacterium Roseiflexus castenholzii.
著者: Yu, L. / Min, Z. / Liu, M. / Xin, Y. / Liu, A. / Kuang, J. / Wu, W. / Wu, J. / He, H. / Xin, J. / Blankenship, R.E. / Tian, C. / Xu, X.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c class I
B: Cytochrome c class I
C: Cytochrome c class I
E: Cytochrome c class I
F: Cytochrome c class I
D: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,32312
ポリマ－73,6126
非ポリマー3,7116
水00
1
A: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
F: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: Cytochrome c class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,2691
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.630, 71.630, 349.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c class I


分子量: 12268.652 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア)
株: DSM 13941 / HLO8 / 遺伝子: Rcas_2631 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7NME2
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M Lithium sulfate monohydrate 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97991 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→31.43 Å / Num. obs: 17547 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 74.97 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.211 Å / Num. unique obs: 1693 / CC1/2: 0.569

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Cootモデル構築
Cootモデル構築
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→31.43 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 887 5.06 %
Rwork0.2417 --
obs-17542 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→31.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4563 0 258 0 4821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6046824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3451772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.290.35331470.3222689X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.550.3641170.29682729X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.90.31941540.26672721X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.470.25541550.23492753X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.620.24011560.22012785X-RAY DIFFRACTION100
5.63-31.430.23181580.20812979X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.0389 Å / Origin y: 32.446 Å / Origin z: 30.2843 Å
111213212223313233
T0.4177 Å20.0359 Å2-0.0862 Å2-0.365 Å20.0006 Å2--0.5377 Å2
L0.6775 °20.2085 °20.3096 °2-0.7473 °2-0.7077 °2--2.3953 °2
S0.0018 Å °0.0102 Å °0.101 Å °-0.0108 Å °0.0258 Å °0.0519 Å °-0.1136 Å °-0.0853 Å °-0.0235 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る