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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gst | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase from Sphingomonas sp. (pyruvate bound-form) | |||||||||
要素 | L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / FAH protein superfamily / hydroxyacylpyruvate | |||||||||
機能・相同性 | PYRUVIC ACID 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Fukuhara, S. / Watanabe, Y. / Watanabe, S. / Nishiwaki, H. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Crystal Structure of l-2,4-Diketo-3-deoxyrhamnonate Hydrolase Involved in the Nonphosphorylated l-Rhamnose Pathway from Bacteria. 著者: Fukuhara, S. / Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nishiwaki, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gst.cif.gz | 256 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gst.ent.gz | 200.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gst_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gst_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gst_validation.xml.gz | 52.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gst_validation.cif.gz | 79.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gst | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gsrSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32338.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア) 株: SKA58 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-PYR / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→48.99 Å / Num. obs: 125104 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.72 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 623308 / Scaling rejects: 43193 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8GSR 解像度: 1.71→48.988 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.45 Å2 / Biso mean: 26.2387 Å2 / Biso min: 5.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.71→48.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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