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- PDB-8gsr: Crystal structure of L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gsr
タイトルCrystal structure of L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase from Sphingomonas sp. (apo-form)
要素L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
キーワードHYDROLASE / FAH protein superfamily / hydroxyacylpyruvate
生物種Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Fukuhara, S. / Watanabe, Y. / Watanabe, S. / Nishiwaki, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of l-2,4-Diketo-3-deoxyrhamnonate Hydrolase Involved in the Nonphosphorylated l-Rhamnose Pathway from Bacteria.
著者: Fukuhara, S. / Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nishiwaki, H.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
B: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
C: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
D: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,04912
ポリマ－130,8554
非ポリマー1948
水22,7351262
1
A: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
B: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5005
ポリマ－65,4272
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
2
C: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
D: L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5497
ポリマ－65,4272
非ポリマー1225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.217, 66.412, 75.202
Angle α, β, γ (deg.)90.150, 91.800, 104.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
L-2,4-diketo-3-deoxyrhamnonate hydrolase


分子量: 32713.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア)
株: SKA58 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 50% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→49.07 Å / Num. obs: 121965 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 21.91 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 622673 / Scaling rejects: 3248
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.764.91.1132947559930.6150.5591.2491.696
9.48-49.075.50.06941387500.9940.0320.07617.798.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 1.73→49.07 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 6004 4.94 %
Rwork0.1675 115595 -
obs0.1693 121599 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.81 Å2 / Biso mean: 26.7601 Å2 / Biso min: 5.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8721 0 8 1262 9991
Biso mean--23.75 33.75 -
残基数----1150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85412101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6255317
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.73-1.74970.28662060.258379996
1.7497-1.77020.28551800.2366382896
1.7702-1.79180.23441980.2158387696
1.7918-1.81450.26141910.2099375797
1.8145-1.83840.25962260.2054388497
1.8384-1.86360.25311970.2025375996
1.8636-1.89020.22891910.2048392897
1.8902-1.91840.29631620.2349365193
1.9184-1.94840.24411810.225375593
1.9484-1.98030.2722000.1997383096
1.9803-2.01450.24842090.1964383897
2.0145-2.05110.22212190.1872380697
2.0511-2.09060.23472210.1789386897
2.0906-2.13320.21282050.18382597
2.1332-2.17960.22441710.1688388897
2.1796-2.23030.19311670.1706390497
2.2303-2.28610.23321830.1845385996
2.2861-2.34790.20011870.1689387298
2.3479-2.4170.21432350.1745383398
2.417-2.4950.2342170.1785387898
2.495-2.58420.22332370.179388898
2.5842-2.68760.21122070.1705386798
2.6876-2.810.22881730.1751391698
2.81-2.95810.21771840.1714395198
2.9581-3.14340.19052280.1699386998
3.1434-3.3860.20552070.1673387898
3.386-3.72670.20152020.1559392098
3.7267-4.26570.1561760.1279386097
4.2657-5.37320.13671930.1234393698
5.3732-49.070.1822510.1516387299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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