PDB-8gsk: Crystal Structure of S302G single mutant of O-acetyl-L-serine sul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gsk

タイトル

Crystal Structure of S302G single mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.2 A

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / single mutant / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.271 Å

データ登録者

Kumar, N. / Mahajan, A.S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: S302G Crystal Structure of S302G single mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.2 A
著者: Kumar, N. / Mahajan, A.S.

履歴

登録	2022年9月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gsk.cif.gz	74.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gsk.ent.gz	50.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gsk_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gsk_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	8gsk_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8gsk_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.600, 112.600, 45.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase 分子量: 33621.438 Da / 分子数: 1 / 変異: S302G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.3 M Sodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月4日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.271→42.37 Å / Num. obs: 12952 / % possible obs: 96.02 % / 冗長度: 14.4 % / CC_1/2: 0.788 / CC star: 0.939 / Net I/σ(I): 44.88
反射シェル	解像度: 2.271→2.352 Å / Num. unique obs: 18871 / CC_1/2: 0.745

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.271→42.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 9.415 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.268
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	625	4.839 %
R_work	0.2225	12291	-
all	0.225	-	-
obs	-	12916	96.023 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.709 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.295 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.295 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.271→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2270	0	0	5	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.631	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.026	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.991	22.66	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.441	15	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.385	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.2	3.264	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.392	4.882	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.536	3.36	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.701	4.956	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.939	60.811	9709

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.271-2.33	0.475	36	0.391	924	X-RAY DIFFRACTION	96.7742
2.33-2.393	0.301	54	0.301	903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.463	0.411	34	0.256	877	X-RAY DIFFRACTION	99.8904
2.463-2.538	0.334	44	0.226	873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.622	0.239	50	0.223	823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.622-2.714	0.357	28	0.238	619	X-RAY DIFFRACTION	75.5841
2.714-2.816	0.326	30	0.221	788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.931	0.295	44	0.233	751	X-RAY DIFFRACTION	99.8744
2.931-3.061	0.308	41	0.21	731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.061-3.21	0.28	44	0.206	680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.383	0.255	32	0.213	662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.383-3.588	0.259	34	0.223	495	X-RAY DIFFRACTION	80.0303
3.588-3.835	0.237	29	0.258	498	X-RAY DIFFRACTION	85.1373
3.835-4.142	0.239	32	0.213	483	X-RAY DIFFRACTION	88.6403
4.142-4.536	0.232	14	0.187	519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.536-5.069	0.144	24	0.181	455	X-RAY DIFFRACTION	100
5.069-5.849	0.28	20	0.203	417	X-RAY DIFFRACTION	100
5.849-7.154	0.199	13	0.222	352	X-RAY DIFFRACTION	100
7.154-10.077	0.176	10	0.187	280	X-RAY DIFFRACTION	100
10.077-42.37	0.326	12	0.183	161	X-RAY DIFFRACTION	99.4253

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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