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万見
- PDB-8gs1: Crystal structure of AziU2-U3 complex from Streptomyces sahachiro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gs1
タイトルCrystal structure of AziU2-U3 complex from Streptomyces sahachiroi NRRL2485
要素
  • Azi28
  • Azi29
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / azinomycin B biosynthetic protein
機能・相同性Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / FORMIC ACID / LYSINE / Azi28 / Azi29
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sahachiroi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cheng, Y. / Li, P. / Liu, W. / Fang, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Oxidase Heterotetramer Completes 1-Azabicyclo[3.1.0]hexane Formation with the Association of a Nonribosomal Peptide Synthetase.
著者: Cheng, Y. / Yi, X. / Zhang, Y. / He, Q. / Chen, D. / Cao, W. / Fang, P. / Liu, W.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azi28
B: Azi29
C: Azi28
D: Azi29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,07527
ポリマ－124,8144
非ポリマー1,26123
水7,404411
1
A: Azi28
B: Azi29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,92211
ポリマ－62,4072
非ポリマー5159
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
2
C: Azi28
D: Azi29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,15316
ポリマ－62,4072
非ポリマー74614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.930, 242.930, 135.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Azi28


分子量: 24087.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア)
遺伝子: azi28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XYC0
#2: タンパク質 Azi29


分子量: 38319.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア)
遺伝子: azi29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XYC1
#3: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H15N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium formate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 122616 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 50.21 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.309 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.317 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.77192.7138499944780.5020.6352.7871.299.7
12.37-19.92180.0431060058810.010.04449.676.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→27.26 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 6332 5.16 %
Rwork0.187 116284 -
obs0.1886 122616 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.09 Å2 / Biso mean: 54.8501 Å2 / Biso min: 34.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→27.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8284 0 83 411 8778
Biso mean--74.71 52.5 -
残基数----1069
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7-2.80.36776540.31641158812242
2.8-2.910.33226200.29921164612266
2.91-3.040.31256160.2671161212228
3.04-3.20.29146350.24291164412279
3.2-3.40.28156540.22681160512259
3.4-3.660.24016200.19841164212262
3.66-4.030.20056450.16831161712262
4.03-4.610.15526120.13231166012272
4.61-5.80.16575890.141168612275
5.8-27.260.17636870.1611158412271
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.1481 Å / Origin y: 136.3369 Å / Origin z: 85.0191 Å
111213212223313233
T0.3141 Å20.07 Å20.0083 Å2-0.3253 Å20.0559 Å2--0.3793 Å2
L0.4144 °20.0551 °20.1957 °2-0.4803 °20.1328 °2--1.0776 °2
S-0.0359 Å °0.0201 Å °0.0258 Å °0.0707 Å °0.0019 Å °0.0271 Å °-0.0444 Å °0.1222 Å °0.036 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 339
4X-RAY DIFFRACTION1allE401
5X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 506
6X-RAY DIFFRACTION1allC19 - 217
7X-RAY DIFFRACTION1allC301 - 306
8X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 341
9X-RAY DIFFRACTION1allF401
10X-RAY DIFFRACTION1allD501 - 507
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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