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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8grz | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of V71C human neuroglobin mutant | ||||||
要素 | Neuroglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / human neuroglobin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, Y.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray crystal structure of V71C human neuroglobin mutant 著者: Lin, Y.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8grz.cif.gz | 50.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8grz.ent.gz | 30.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8grz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8grz_validation.pdf.gz | 789 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8grz_full_validation.pdf.gz | 790.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8grz_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8grz_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4mpmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16955.383 Da / 分子数: 1 / 変異: V71C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPG2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9781 / % possible obs: 96.07 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique obs: 863 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.235 / % possible all: 85.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MPM 解像度: 2→35.21 Å / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.5437 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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