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- PDB-8grx: APOE4 receptor in complex with APOE4 NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grx
タイトルAPOE4 receptor in complex with APOE4 NTD
要素
  • Apolipoprotein E
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / lipid transport involved in lipid storage / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / metal chelating activity / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / discoidal high-density lipoprotein particle / lipoprotein particle ...inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / lipid transport involved in lipid storage / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / metal chelating activity / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / discoidal high-density lipoprotein particle / lipoprotein particle / negative regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / maintenance of location in cell / regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of lipoprotein transport / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / chylomicron remnant clearance / chylomicron remnant / intermediate-density lipoprotein particle / acylglycerol homeostasis / NMDA glutamate receptor clustering / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / Chylomicron clearance / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / lipid transporter activity / cellular response to lipoprotein particle stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / response to caloric restriction / very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of amyloid fibril formation / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / regulation of protein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / lipoprotein catabolic process / AMPA glutamate receptor clustering / high-density lipoprotein particle remodeling / melanosome organization / positive regulation of cholesterol metabolic process / multivesicular body, internal vesicle / regulation of behavioral fear response / reverse cholesterol transport / positive regulation of amyloid-beta clearance / host-mediated activation of viral process / high-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / high-density lipoprotein particle / protein import / very-low-density lipoprotein particle / cholesterol catabolic process / heparan sulfate proteoglycan binding / low-density lipoprotein particle remodeling / amyloid precursor protein metabolic process / negative regulation of amyloid fibril formation / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / synaptic transmission, cholinergic / HDL remodeling / negative regulation of endothelial cell migration / cholesterol efflux / regulation of cholesterol metabolic process / artery morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / regulation of axon extension / triglyceride homeostasis / Scavenging by Class A Receptors / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of amyloid fibril formation / regulation of innate immune response / virion assembly / positive regulation of dendritic spine development / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of endothelial cell proliferation / response to dietary excess / antioxidant activity / locomotory exploration behavior / negative regulation of MAP kinase activity / lipoprotein particle binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of endocytosis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cholesterol efflux / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein secretion / long-term memory / fatty acid homeostasis / long-chain fatty acid transport / regulation of protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein E / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhou, J. / Wang, Y. / Huang, G. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2020C04001 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: LilrB3 is a putative cell surface receptor of APOE4.
著者: Jiayao Zhou / Yumeng Wang / Gaoxingyu Huang / Min Yang / Yumin Zhu / Chen Jin / Dan Jing / Kai Ji / Yigong Shi /
要旨: The three isoforms of apolipoprotein E (APOE2, APOE3, and APOE4) only differ in two amino acid positions but exert quite different immunomodulatory effects. The underlying mechanism of such APOE ...The three isoforms of apolipoprotein E (APOE2, APOE3, and APOE4) only differ in two amino acid positions but exert quite different immunomodulatory effects. The underlying mechanism of such APOE isoform dependence remains enigmatic. Here we demonstrate that APOE4, but not APOE2, specifically interacts with the leukocyte immunoglobulin-like receptor B3 (LilrB3). Two discrete immunoglobin-like domains of the LilrB3 extracellular domain (ECD) recognize a positively charged surface patch on the N-terminal domain (NTD) of APOE4. The atomic structure reveals how two APOE4 molecules specifically engage two LilrB3 molecules, bringing their intracellular signaling motifs into close proximity through formation of a hetero-tetrameric complex. Consistent with our biochemical and structural analyses, APOE4, but not APOE2, activates human microglia cells (HMC3) into a pro-inflammatory state in a LilrB3-dependent manner. Together, our study identifies LilrB3 as a putative immune cell surface receptor for APOE4, but not APOE2, and may have implications for understanding the biological functions as well as disease relevance of the APOE isoforms.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein E
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
C: Apolipoprotein E
D: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6784
ポリマ－120,6784
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein E / Apo-E


分子量: 16469.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02649
#2: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6 / Immunoglobulin-like transcript 8 / ILT-8 / Leukocyte Ig-like receptor


分子量: 43869.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRA6, ILT8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PI73
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: APOE4-LilrB3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1366 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 462565 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0068738
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70711872
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5641184
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411246
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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