PDB-8grt: Small Dipeptide Analogues developed by Co-crystal Structure of St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8grt

タイトル

Small Dipeptide Analogues developed by Co-crystal Structure of Stenotrophomonas maltophilia Dipeptidyl Peptidase 7

要素

Dipeptidyl-peptidase

キーワード

HYDROLASE / S46 / DPP / aminopeptidase / antibiotics / NFGNR / NFGNB / sepsis / pneumonia

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Yasumitsu, S. / Koushi, H. / Akihiro, N. / Yoshiyuki, Y. / Wataru, O. / Mizuki, S. / Saori, R. / Nobutada, T. / Anna, M. / Keiko, H. / Tsuda, Y.

資金援助

日本, 7件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K8322	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16H04902	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	17H03790	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	2013A6822, 2013B6822, 2014A6924, 2014B6924, 2015A6521, 2015B6521, 2016B6620, 2017A6721, 2017B6721, 2018A6818, 2018B6818, 2019A6917, 2019B6917, 2020A6517	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	BINDS 0026	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	21K09913	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	21K06071	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small Dipeptide Analogues Generated by Co-crystal Structure of Bacterial Dipeptidyl Peptidase 7 to Defeat Stenotrophomonas maltophilia
著者: Koushi, H. / Yasumitsu, S. / Akihiro, N. / Suzuki, Y. / Wataru, O. / Mizuki, S. / Chisato, K. / Saori, R. / Nobutada, T. / Anna, M. / Keiko, H. / Yuko, Y.

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8grt.cif.gz	286.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8grt.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8grt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8grt_validation.pdf.gz	913.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8grt_full_validation.pdf.gz	923.8 KB	表示
XML形式データ	8grt_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	8grt_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dkbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidyl-peptidase

B: Dipeptidyl-peptidase

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.200, 74.250, 154.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dipeptidyl-peptidase 分子量: 78061.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain R551-3) (バクテリア) 株: R551-3 / Cell: Bacteria / 遺伝子: Smal_0807 / プラスミド: pET22b / 詳細 (発現宿主): Full synthetic and codon optimised / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B4SLK2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ALC / 2-AMINO-3-CYCLOHEXYL-PROPIONIC ACID / シクロヘキシルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 171.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 200mM Amm. Acetate, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→34.58 Å / Num. obs: 47008 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.788 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.59→2.63 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 1999 / CC_1/2: 0.727 / R_pim(I) all: 0.361 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20161205	データ削減
xia2	0.5.161	データ削減
DIALS	1.4.1	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0352	精密化
Coot	0.9.8.3	モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
PHENIX	1.18.2-3874	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DKB

7dkb

解像度: 2.59→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 11.509 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.486 / ESU R Free: 0.317 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2429	2287	4.868 %	Random selection
R_work	0.1754	44694	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	-	46981	98.895 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.587 Å²	-0 Å²	-0.075 Å²
2-	-	0.246 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.807 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10701	0	0	207	10908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	10933
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.646	14817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.535	1.572	23333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.314	5	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.014	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.255	10	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.913	10	490
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.434	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	8741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	5282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.007	4.082	5576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.007	4.082	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.628	6.112	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.628	6.112	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.381	4.39	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.381	4.39	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.3	6.422	7854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.299	6.421	7855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.095	50.658	11942
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.094	50.616	11936

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.59-2.657	0.468	142	0.38	2943	0.385	3448	0.905	0.937	89.4722	0.318
2.657-2.729	0.323	148	0.245	3226	0.249	3380	0.933	0.964	99.8225	0.209
2.729-2.808	0.28	160	0.207	3120	0.211	3288	0.95	0.974	99.7567	0.177
2.808-2.893	0.29	165	0.194	3019	0.199	3189	0.955	0.977	99.8432	0.168
2.893-2.987	0.296	151	0.205	2938	0.209	3092	0.945	0.975	99.903	0.18
2.987-3.091	0.308	126	0.196	2885	0.201	3020	0.943	0.976	99.702	0.177
3.091-3.206	0.28	134	0.192	2781	0.196	2923	0.951	0.976	99.7263	0.175
3.206-3.336	0.217	149	0.168	2611	0.171	2765	0.97	0.983	99.8192	0.152
3.336-3.482	0.263	119	0.188	2526	0.191	2657	0.955	0.979	99.5484	0.178
3.482-3.649	0.23	121	0.17	2435	0.173	2564	0.967	0.982	99.688	0.163
3.649-3.844	0.222	128	0.169	2324	0.172	2462	0.965	0.982	99.5938	0.165
3.844-4.073	0.248	111	0.165	2188	0.169	2315	0.96	0.983	99.3089	0.163
4.073-4.348	0.235	106	0.15	2086	0.154	2199	0.969	0.985	99.6817	0.152
4.348-4.688	0.209	96	0.148	1908	0.151	2013	0.975	0.987	99.5529	0.156
4.688-5.123	0.199	101	0.136	1805	0.139	1908	0.977	0.99	99.8952	0.143
5.123-5.707	0.199	87	0.163	1615	0.165	1707	0.978	0.987	99.7071	0.168
5.707-6.551	0.256	87	0.181	1426	0.185	1516	0.966	0.982	99.8021	0.185
6.551-7.929	0.214	69	0.136	1239	0.14	1309	0.975	0.99	99.9236	0.146
7.929-10.841	0.147	54	0.108	992	0.11	1050	0.986	0.993	99.619	0.131
10.841-30.002	0.198	33	0.181	627	0.182	661	0.977	0.984	99.8487	0.213

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