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万見
- PDB-8gra: Structure of Type VI secretion system cargo delivery vehicle Hcp-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gra
タイトルStructure of Type VI secretion system cargo delivery vehicle Hcp-VgrG-PAAR
要素
  • Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
  • Type VI secretion system spike protein Paar
  • Type VI secretion system spike protein VgrG
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Type VI Secretion System / VgrG / Hcp5 / PAAR
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex
類似検索 - 分子機能
Hemolysin coregulated protein (Hcp) TssD / Hemolysin coregulated protein Hcp (TssD) / PAAR motif / PAAR motif / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp) / PAAR domain-containing protein / Phage baseplate assembly protein V
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wen, Y. / He, W. / Zhu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82072237, 31870132 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structure and assembly of type VI secretion system cargo delivery vehicle.
著者: Wenbo He / Ke Wu / Zhenlin Ouyang / Yixin Bai / Wen Luo / Di Wu / Hao An / Yucheng Guo / Min Jiao / Qian Qin / Jiaxin Zhang / Yi Wu / Junjun She / Peter M Hwang / Fang Zheng / Li Zhu / Yurong Wen /
要旨: Type VI secretion system is widely used in Gram-negative bacteria for injecting toxic effectors into neighboring prokaryotic or eukaryotic cells. Various effectors can be loaded onto the T6SS ...Type VI secretion system is widely used in Gram-negative bacteria for injecting toxic effectors into neighboring prokaryotic or eukaryotic cells. Various effectors can be loaded onto the T6SS delivery tube via its core components: Hcp, VgrG, or PAAR. Here, we report 2.8-Å resolution cryo-EM structure of intact T6SS Hcp5-VgrG-PAAR cargo delivery system and crystal structure of unbound Hcp5 from B. fragilis NCTC 9343. Loading of Hcp5 hexameric ring onto VgrG causes expansion of its inner cavity and external surface, explaining how structural changes could be propagated to regulate co-polymerization and surrounding contractile sheath. High-affinity binding between Hcp and VgrG causes entropically unfavorable structuring of long loops. Furthermore, interactions between VgrG trimer and Hcp hexamer are asymmetric, with three of the six Hcp monomers exhibiting a major loop flip. Our study provides insights into the assembly, loading, and firing of T6SS nanomachine that contributes to bacterial inter-species competition and host interactions.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Type VI secretion system spike protein Paar
B: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
I: Type VI secretion system spike protein VgrG
H: Type VI secretion system spike protein VgrG
G: Type VI secretion system spike protein VgrG
A: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
F: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
E: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
D: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
C: Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
J1: Type VI secretion system spike protein Paar
J2: Type VI secretion system spike protein Paar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,11512
ポリマ－362,11512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Type VI secretion system spike protein Paar


分子量: 23725.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: DXA78_05585, F2Z89_01155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E5IG32
#2: タンパク質
Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp) / Type VI secretion system needle protein Hcp / Hcp5


分子量: 14505.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: tssD_4, CQW34_01545, DW228_07065, DWW08_15770, EC81_0218805, F2Z25_09975, F2Z89_01225, F9000_04115, FSA06_12535, H3T27_02635, HMPREF0101_00911, HMPREF1018_02079, IB64_010900
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A081TQ32
#3: タンパク質 Type VI secretion system spike protein VgrG


分子量: 67969.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: DXA78_05580, F2Z89_01160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E5IG38

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hcp-VgrG-PAAR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354265 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00520708
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60128021
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0562784
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0523095
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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