PDB-8gr3: Crystal structure of K151L/Y158F mutant of GATase subunit of Meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gr3

タイトル

Crystal structure of K151L/Y158F mutant of GATase subunit of Methanocaldococcus jannaschii GMP synthetase

要素

GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

キーワード

TRANSFERASE / amidotransferase / succinimide / deamidation / thermostability

機能・相同性

機能・相同性情報

GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chandrashekarmath, A. / Bellur, A.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of K151L/Y158F mutant of GATase subunit of Methanocaldococcus jannaschii GMP synthetase
著者: Chandrashekarmath, A. / Bellur, A. / Balaram, H.

履歴

登録	2022年8月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gr3.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gr3.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8gr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8gr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d40S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

C: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

D: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

ヘテロ分子

84.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.410, 93.410, 118.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 188 / Label seq-ID: 1 - 188

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.002183, 0.999998, -0.0002), (0.999998, 0.002183, -0.00035), (-0.00035, -0.000201, -1)	-46.77455, 46.61657, -34.96927
3	given	(-0.912881, 0.407281, 0.027738), (-0.407549, -0.905356, -0.119305), (-0.023478, -0.120215, 0.99247)	-61.60341, 23.32529, 12.78455
4	given	(0.404654, -0.914029, -0.028396), (-0.906258, -0.404979, 0.121194), (-0.122275, -0.023307, -0.992223)	-0.98964, 4.29407, -26.47744
5	given	(-0.40729, -0.905487, -0.119203), (-0.913018, 0.406917, 0.028568), (0.022638, 0.12047, -0.992459)	-23.36612, -14.89332, -47.79893
6	given	(-0.906332, -0.404879, 0.120977), (0.404497, -0.914086, -0.028813), (0.122249, 0.022821, 0.992237)	-42.42982, 45.70246, -8.49807
7	given	(-0.000491, 1, -0.000535), (1, 0.00049, -0.00014), (-0.00014, -0.000535, -1)	-46.72974, 46.69407, -34.97034

#1: タンパク質	GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A / Glutamine amidotransferase 分子量: 21019.229 Da / 分子数: 4 / 変異: K151L,Y158F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: guaAA, MJ1575 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q58970, GMP synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Ammonium sulfate, 30% PEG monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→59.13 Å / Num. obs: 39690 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 5761 / CC_1/2: 0.619

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7D40

7d40

解像度: 2.4→57.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24129	1944	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20687	-	-	-
obs	0.20858	37711	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→57.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5749	0	30	285	6064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5908
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	5446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.63	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.588	1.568	12657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.359	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.001	24.727	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.007	15	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.785	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	0.716	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.901	0.716	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	1.07	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.534	1.071	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.905	0.806	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.884	0.782	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.738	1.131	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.115	8.446	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.044	8.375	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.87

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1439	1.77
2	2	A	1415	2.95
3	3	B	1424	3.36
4	4	B	1408	2.64
5	5	C	1421	3.22
6	6	D	1406	1.59

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	133	-
R_work	0.265	2794	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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