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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gr2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GDSL-family esterase CJ0610C from Campylobacter jejuni | ||||||
![]() | DUF459 domain-containing protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / GDSL-family esterase | ||||||
機能・相同性 | SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / DUF459 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ki, D.U. / Song, W.S. / Yoon, S.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical analysis of the GDSL-family esterase CJ0610C from Campylobacter jejuni. 著者: Ki, D.U. / Song, W.S. / Yoon, S.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26208.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BBR99_07950 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 28325 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 32.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1438 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Alphafold2 model 解像度: 1.65→27.8 Å / SU ML: 0.1961 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8256 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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