[日本語] English
万見
- PDB-8gqp: Complex of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqp
タイトルComplex of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1
要素
  • D-binder
  • L-pep1
キーワードDE NOVO PROTEIN / D-protein / heterochiral protein complex / protein-protein interaction / mirror-image / de novo / design
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種artificial sequences (その他)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liang, M.F. / Li, S.C. / Wang, T.Y. / Liu, L. / Lu, P.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0909200 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2024
タイトル: Accurate de novo design of heterochiral protein-protein interactions
著者: Sun, K. / Li, S. / Zheng, B. / Zhu, Y. / Wang, T. / Liang, M. / Yao, Y. / Zhang, K. / Zhang, J. / Li, H. / Han, D. / Zheng, J. / Coventry, B. / Cao, L. / Baker, D. / Liu, L. / Lu, P.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-binder
B: L-pep1
C: D-binder
D: L-pep1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5034
ポリマ－19,5034
非ポリマー00
水1,44180
1
A: D-binder
B: L-pep1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7512
ポリマ－9,7512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
2
C: D-binder
D: L-pep1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7512
ポリマ－9,7512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.395, 82.282, 35.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-104-

HOH

21C-130-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12(chain B and resid 1 through 18)
22(chain D and (resid 1 through 17 or (resid 18...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DLEDLEDSNDSNchain AAA1 - 621 - 62
21DLEDLEDSNDSNchain CCC1 - 621 - 62
12ASPASPLYSLYS(chain B and resid 1 through 18)BB1 - 181 - 18
22ASPASPLYSLYS(chain D and (resid 1 through 17 or (resid 18...DD1 - 181 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 D-binder


分子量: 7298.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-type binder / 由来: (合成) artificial sequences (その他)
#2: タンパク質・ペプチド L-pep1


分子量: 2452.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial sequences (その他)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
解説: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH7.9, 100mM Magnesium chloride, 20%(v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.4 Å / Num. obs: 10862 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.918 / Net I/av σ(I): 15.44 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.10.3964560.9040.2560.4750.94588
2.03-2.073.60.365140.9280.2140.4211.00193.8
2.07-2.114.10.285220.9650.1540.3210.9899.1
2.11-2.154.30.2345270.9720.1260.2670.9298.1
2.15-2.24.40.25580.9840.1070.2280.932100
2.2-2.254.40.1615140.9870.0860.1830.902100
2.25-2.314.40.1645430.9840.0870.1860.94100
2.31-2.374.40.1345580.9880.0720.1530.997100
2.37-2.444.40.1185270.9930.0630.1340.894100
2.44-2.524.40.1125610.9950.0590.1270.947100
2.52-2.614.30.0915250.9950.0490.1030.895100
2.61-2.714.40.0845620.9960.0440.0950.872100
2.71-2.844.30.0675330.9960.0360.0770.846100
2.84-2.994.40.0575540.9980.0310.0650.823100
2.99-3.174.30.0515600.9980.0280.0580.81100
3.17-3.424.30.0395470.9990.0210.0440.843100
3.42-3.764.20.0335660.9990.0180.0371.09899.8
3.76-4.314.10.0275640.9990.0150.0310.955100
4.31-5.433.90.0265760.9990.0150.030.97699.8
5.43-24.33.30.0266250.9980.0180.0320.79998.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-20007.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-20007.8データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→24.4 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 705 4.78 %
Rwork0.2188 14033 -
obs0.2192 10862 72.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.84 Å2 / Biso mean: 26.8324 Å2 / Biso min: 12.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1335 0 0 80 1415
Biso mean---30.68 -
残基数----161
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A438X-RAY DIFFRACTION13.581TORSIONAL
12C438X-RAY DIFFRACTION13.581TORSIONAL
21B164X-RAY DIFFRACTION13.581TORSIONAL
22D164X-RAY DIFFRACTION13.581TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.160.2691880.2528186048
2.16-2.370.25931090.2225217556
2.37-2.720.23291410.2148262668
2.72-3.420.24711580.226362093
3.42-24.40.20672090.2109375297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1098 Å / Origin y: 2.4249 Å / Origin z: 9.1033 Å
111213212223313233
T0.1208 Å20.0051 Å20.0255 Å2-0.1595 Å20.0126 Å2--0.1148 Å2
L1.1194 °2-0.3423 °2-0.1042 °2-3.7255 °20.1824 °2--0.3836 °2
S-0.0325 Å °0.0341 Å °-0.0101 Å °0.109 Å °0.0597 Å °0.3556 Å °0.0194 Å °-0.1113 Å °-0.0356 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 19
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 62
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 80

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る