PDB-8gqo: Solution NMR structure of vaccinia virus protein A28: an entry-fu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqo

タイトル

Solution NMR structure of vaccinia virus protein A28: an entry-fusion complex component

要素

Envelope protein A28

キーワード

VIRAL PROTEIN / Entry-fusion Complex / Cell Membrane Fusion / Vaccinia Virus

機能・相同性

Poxvirus A28 / Poxvirus A28 family / viral process / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope protein OPG155

機能・相同性情報

生物種

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Tsai, M.H. / Wu, D.N. / Tzou, D.L.M.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of vaccinia viral fusion complex component protein A28 through NMR and molecular dynamic simulations.
著者: Kao, C.F. / Tsai, M.H. / Carillo, K.J. / Tzou, D.L. / Chang, W.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqo.cif.gz	338.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqo.ent.gz	282 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqo_validation.pdf.gz	546 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqo_full_validation.pdf.gz	623.4 KB	表示
XML形式データ	8gqo_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8gqo_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 50469

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelope protein A28

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Envelope protein A28 / IMV MP/virus entry protein / IMV membrane protein / Integral component of the virus entry-fusion ...IMV MP/virus entry protein / IMV membrane protein / Integral component of the virus entry-fusion complex / Integral component of the virus entry/fusion complex / Integral component of virus entry/fusion complex protein / Putative signal peptide 分子量: 13724.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス) 株: WR (western reserve) 遺伝子: A28L, VACV_BRZ_SERRO2_149, VACV_CTGV_ALEH2_151, VACV_CTGV_CG04_151, VACV_CTGV_MI233-151, VACV_CTGV_VI04_151, 44/47.1_rMVA_142, 51.1rMVA_164, 51.2rMVA_149, IKMOJFFE_00136, List144, ...遺伝子: A28L, VACV_BRZ_SERRO2_149, VACV_CTGV_ALEH2_151, VACV_CTGV_CG04_151, VACV_CTGV_MI233-151, VACV_CTGV_VI04_151, 44/47.1_rMVA_142, 51.1rMVA_164, 51.2rMVA_149, IKMOJFFE_00136, List144, LIVPclone14_158, VAC_IHDW1_152, VAC_TKT3_141, VAC_TKT4_141, VACV_CTGV_CM01_151, VACV_IOC_B141_176, Vv.00g001400 プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4GDK2

#1: タンパク質

Envelope protein A28 / IMV MP/virus entry protein / IMV membrane protein / Integral component of the virus entry-fusion ...

分子量: 13724.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
株: WR (western reserve)
遺伝子: A28L, VACV_BRZ_SERRO2_149, VACV_CTGV_ALEH2_151, VACV_CTGV_CG04_151, VACV_CTGV_MI233-151, VACV_CTGV_VI04_151, 44/47.1_rMVA_142, 51.1rMVA_164, 51.2rMVA_149, IKMOJFFE_00136, List144, ...
プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4GDK2

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	isotropic	1	3D HNCO
1	6	1	isotropic	1	3D HN(CA)CO
1	7	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	9	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	10	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	11	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	13	1	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 50 mM sodium chloride, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O / Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
50 mM	sodium chloride	natural abundance	1
50 mM	MES	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 50 NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber		Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
X-PLOR NIH	3.4	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
NMRViewJ	9.2.0	One Moon Scientific Incorporation	chemical shift assignment
NMRViewJ	9.2.0	One Moon Scientific Incorporation	peak picking

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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