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- PDB-8gqe: Crystal structure of the W285A mutant of UVR8 in complex with RUP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqe
タイトルCrystal structure of the W285A mutant of UVR8 in complex with RUP2
要素
  • Ultraviolet-B receptor UVR8
  • WD repeat-containing protein RUP2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast organization / flower development / entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / photoreceptor activity / regulation of protein-containing complex assembly / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...chloroplast organization / flower development / entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / photoreceptor activity / regulation of protein-containing complex assembly / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein RUP1/2 / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / 7 Propeller ...WD repeat-containing protein RUP1/2 / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein RUP2 / Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Y.D. / Wang, L.X. / Guan, Z.Y. / chang, H.F. / Yin, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Plant Commun. / : 2023
タイトル: RUP2 facilitates UVR8 redimerization via two interfaces.
著者: Wang, L. / Wang, Y. / Chang, H. / Ren, H. / Wu, X. / Wen, J. / Guan, Z. / Ma, L. / Qiu, L. / Yan, J. / Zhang, D. / Huang, X. / Yin, P.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein RUP2
B: Ultraviolet-B receptor UVR8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7013
ポリマ-87,5062
非ポリマー1951
8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.393, 173.393, 76.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein RUP2 / Protein EARLY FLOWERING BY OVEREXPRESSION 2 / Protein REPRESSOR OF UV-B PHOTOMORPHOGENESIS 2


分子量: 40236.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RUP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9FFA7
#2: タンパク質 Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8


分子量: 47269.160 Da / 分子数: 1 / Mutation: W285A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UVR8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9FN03
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 6000, Ammonium chloride, Hexamminecobalt (III) chloride, sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. obs: 76777 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.957 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 7644 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 0.884

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNV
解像度: 2→34.01 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 3905 5.1 %
Rwork0.1733 72595 -
obs0.1747 76500 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.29 Å2 / Biso mean: 40.4232 Å2 / Biso min: 18.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 145 450 6161
Biso mean--39.39 45.57 -
残基数----717
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.030.24651460.21112555270198
2.03-2.050.26161470.202925772724100
2.05-2.080.21161090.198626242733100
2.08-2.110.21641140.184626152729100
2.11-2.140.22051400.181525652705100
2.14-2.170.18971290.173625972726100
2.17-2.20.20581240.178526002724100
2.2-2.240.21961490.179425822731100
2.24-2.280.20351630.176725822745100
2.28-2.320.18631270.17126002727100
2.32-2.360.21371350.184225872722100
2.36-2.410.21511620.179125862748100
2.41-2.460.21851590.176525782737100
2.46-2.520.20171370.175925902727100
2.52-2.580.19371370.180725912728100
2.58-2.650.21321170.185226192736100
2.65-2.730.22641390.185526072746100
2.73-2.820.21181450.179525772722100
2.82-2.920.20631210.18426422763100
2.92-3.040.21031290.178425872716100
3.04-3.180.22041450.175825992744100
3.18-3.340.1931690.164125842753100
3.34-3.550.20991530.170425992752100
3.55-3.830.18861530.160125892742100
3.83-4.210.15851550.158326152770100
4.21-4.820.18431200.14422620274099
4.82-6.070.1881510.17162603275499
6.07-34.010.21331300.19792525265593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.4805 Å / Origin y: 69.8859 Å / Origin z: 62.1317 Å
111213212223313233
T0.2104 Å2-0.0045 Å2-0.0016 Å2-0.2259 Å20.0031 Å2--0.1994 Å2
L0.358 °20.2133 °20.0558 °2-1.9551 °2-0.185 °2--0.3991 °2
S0.0006 Å °-0.0085 Å °0.0687 Å °0.0547 Å °0.0284 Å °0.3963 Å °-0.1132 Å °-0.062 Å °-0.024 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA20 - 367
2X-RAY DIFFRACTION1allB13 - 381
3X-RAY DIFFRACTION1allB397 - 413
4X-RAY DIFFRACTION1allB501
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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