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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gpx | ||||||
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タイトル | YFV_E_YD73Fab_postfusion | ||||||
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / neutralizing antibody / human antibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Wu, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A neutralizing-protective supersite of human monoclonal antibodies for yellow fever virus. 著者: Li, Y. / Chen, Z. / Wu, L. / Dai, L. / Qi, J. / Chai, Y. / Li, S. / Wang, Q. / Tong, Z. / Ma, S. / Duan, X. / Ren, S. / Song, R. / Liang, M. / Liu, W. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 362.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gptC ![]() 8gpuC ![]() 5jhlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43249.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 24333.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23827.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M imidazole malate, pH 5.5, and 33% (v/v) PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 11224 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 58.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 8.082 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 1088 / CC1/2: 0.627 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5JHL 解像度: 3.8→39.93 Å / SU ML: 0.2717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.3702 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→39.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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