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- PDB-8gpx: YFV_E_YD73Fab_postfusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpx
タイトルYFV_E_YD73Fab_postfusion
要素
  • Envelope protein
  • YD73Fab_H
  • YD73Fab_K
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / neutralizing antibody / human antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / hydrolase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Li, Y. / Wu, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Innovation (N Y) / 年: 2022
タイトル: A neutralizing-protective supersite of human monoclonal antibodies for yellow fever virus.
著者: Li, Y. / Chen, Z. / Wu, L. / Dai, L. / Qi, J. / Chai, Y. / Li, S. / Wang, Q. / Tong, Z. / Ma, S. / Duan, X. / Ren, S. / Song, R. / Liang, M. / Liu, W. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Envelope protein
H: YD73Fab_H
L: YD73Fab_K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4103
ポリマ－91,4103
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.874, 102.874, 178.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein


分子量: 43249.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89292
#2: 抗体 YD73Fab_H


分子量: 24333.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 YD73Fab_K


分子量: 23827.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M imidazole malate, pH 5.5, and 33% (v/v) PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 11224 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 58.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 8.082
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 1088 / CC1/2: 0.627

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JHL

5jhl


解像度: 3.8→39.93 Å / SU ML: 0.2717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.3702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3059 560 5.1 %
Rwork0.2612 10428 -
obs0.2635 10988 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→39.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6180 0 0 0 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54038589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.43252263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.180.34571470.28592358X-RAY DIFFRACTION91.22
4.18-4.790.28851230.24932646X-RAY DIFFRACTION99.5
4.79-6.020.3291380.25952654X-RAY DIFFRACTION99.32
6.03-39.930.27211520.25722770X-RAY DIFFRACTION99.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5861389640270.1286933778570.3571518462660.6320608842230.04666158020760.448141712932-0.0207571231829-0.177180841766-0.06286080332270.202188571532-0.1172429547390.0722057983994-0.138521476998-0.1975001005270.1491632698220.43058346401-0.0002021835641570.10010692270.494150481272-0.02096500031330.42500003754938.9694985045-34.056521640772.631685662
20.201372116554-0.106663217066-0.02546707887890.169699784163-0.06811584278960.7183062135240.158526688716-0.204851795752-0.2966573651850.33613248818-0.03413830510460.3319057255630.151240908053-0.296030209677-0.08513412391790.935405826768-0.1597924478260.1996199951120.8019831615620.1785578009070.61213958182241.9784858518-50.567195593892.1576415234
30.898978390493-0.0607895748374-0.06399855145461.21763477955-0.4017936556711.858348958270.08522084220360.0005948731244510.0929682596423-0.38686394813-0.6421808588540.210147316188-0.0243578833233-0.03863377573210.4310853354520.4459200518490.177353606504-0.1007375810470.38333034767-0.2011166639660.44239317706917.7025628186-37.439013688723.9743843019
42.380061621961.04128111885-0.04233712892570.8548664180490.04104618063863.082487877431.180455935750.4129779837610.3010363825750.0739248257610.64905570163-0.2322562912110.1630205625320.725120576933-0.5644368887590.1924731761280.09684268046160.2488330600350.5544137080330.03808524091720.17485213196-9.32165791487-15.467793751210.8948242194
50.207977651959-0.142018313908-0.09849842619880.07690658977930.06614568260590.0388529404412-0.0368807913017-0.0393716270606-0.2308424000740.198872576052-0.02518020146740.01092640789380.00539755038899-0.1264863460970.02897935230760.537876855530.113719277490.2551874516220.132106803588-0.2786052546540.1823398240341.76427849591-23.61876162243.0914296515
61.44801359313-0.648725439980.2899788184571.009050801060.4253015284720.45296200876-0.170895792817-0.1553227626-0.109968699406-0.0561594740744-0.1098503431710.29765150007-0.0833890900826-0.2424553447860.1091872275050.15434668545-0.00626204018232-0.09626915496830.259403685755-0.1256773341630.52248563312111.4977239944-27.989507136238.962708501
71.05269189824-0.8693650862930.2834191087260.8663015453640.221508894251.16606594671-0.119017571569-0.112766418054-0.01284874823360.267489634952-0.1342713346060.09635247105860.08151767796410.09086462158060.04179141416330.450521835473-0.05661321607070.04655172597270.0745713804971-0.08808142457850.20342226479115.2270730384-23.093640108244.0858576404
80.710759976499-0.786808160968-0.1031010666321.918165507090.2944330758110.3516385335120.002836308639530.0680108703550.1073895963840.133337708891-0.04799437613070.1305281570650.0513429732779-0.2404764071750.008609598506650.29476089002-0.038424100285-0.04378227997310.265019595656-0.119570357340.5044185763919.50985084126-27.080859639737.4022943442
90.0644144284638-0.0889802014475-0.02422296716720.1768482898750.0243079139335-0.000357457943607-0.08689261878790.1329738537760.06326931884830.008127460806240.26433904704-0.270276737983-0.0632892451172-0.134859546737-0.00931248716450.307884988476-0.1269233999860.2142814799480.3651144489480.213585500460.375261471548-10.5756560635-13.6704024535.881676062
101.04460458552-0.1962291323940.332535911450.8103952463370.01341134890062.263930912030.2666159323310.3170770320760.224236611281-0.3581474637010.2148738646220.175084950167-0.0496339018058-0.13320872724-0.09350871942530.335229208513-0.0132918883415-0.1317002882730.4840750568640.1475138900180.535740018633-20.4925744519-19.030498278914.0691131499
110.0131121748051-0.0896514179769-0.07225713876710.4404265247350.2980891521920.1936029211320.18908149043-0.0599409262459-0.313497824851-0.103181095601-0.1562552866780.2361655088440.30902840708-0.0415399536745-0.03510451682740.2887877819590.0807365591268-0.6676194847330.3188820648790.2613737475180.676708395237-20.8966863876-26.67205232225.8770670515
121.340306119260.09424677967310.2805776612470.5715234003440.3380528567311.13779877766-0.04767010346080.1368144299990.309659000195-0.3112101329550.05939726251720.1924180122560.174315502214-0.242921331305-0.05208913362020.455888874196-0.052454350993-0.05065250577370.3777270486680.1697006574560.396166601322-18.7095845418-21.726267419220.8221662752
130.453709036522-0.0664112547303-0.2524801316930.584368243573-0.04537645764840.1442235492490.0909535272489-0.0469979231317-0.106585885844-0.125609375530.07936935243340.2879391292280.1462428934310.0132909790193-0.0576813688510.333009169543-0.0557494316189-0.06034681304680.9309795813790.2037638914130.465000132209-27.9050370125-18.430277155825.8039889668
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 3 through 243 )EA3 - 2431 - 227
22chain 'E' and (resid 244 through 394 )EA244 - 394228 - 376
33chain 'H' and (resid 1 through 118 )HB1 - 1181 - 118
44chain 'H' and (resid 119 through 226 )HB119 - 226119 - 220
55chain 'L' and (resid 2 through 18 )LC2 - 181 - 17
66chain 'L' and (resid 19 through 49 )LC19 - 4918 - 48
77chain 'L' and (resid 50 through 76 )LC50 - 7649 - 75
88chain 'L' and (resid 77 through 104 )LC77 - 10476 - 103
99chain 'L' and (resid 105 through 117 )LC105 - 117104 - 116
1010chain 'L' and (resid 118 through 141 )LC118 - 141117 - 140
1111chain 'L' and (resid 142 through 162 )LC142 - 162141 - 161
1212chain 'L' and (resid 163 through 199 )LC163 - 199162 - 198
1313chain 'L' and (resid 200 through 215 )LC200 - 215199 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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