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万見
- PDB-8gpv: Cytoplasmic domain structure of the MgtE Mg2+ channel from Clostr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpv
タイトルCytoplasmic domain structure of the MgtE Mg2+ channel from Clostridiales bacterium
要素Magnesium transporter MgtE
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion channels (イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transporter activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium transporter MgtE
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridiales bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Wang, M. / Zhao, Y. / Hattori, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071234 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0502800 中国
引用ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sin. / 年: 2023
タイトル: Novel Mg 2+ binding sites in the cytoplasmic domain of the MgtE Mg 2+ channels revealed by X-ray crystal structures.
著者: Wang, M. / Zhao, Y. / Hayashi, Y. / Ito, K. / Hattori, M.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transporter MgtE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1118
ポリマ－28,7271
非ポリマー3847
水3,927218
1
A: Magnesium transporter MgtE
ヘテロ分子

A: Magnesium transporter MgtE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,22116
ポリマ－57,4532
非ポリマー76814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.063, 81.063, 104.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Magnesium transporter MgtE


分子量: 28726.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridiales bacterium (バクテリア)
遺伝子: mgtE, DGR79_01085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D5MLJ3
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M MOPS pH 7.5, 38% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→81.06 Å / Num. obs: 28748 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.91 Å / Num. unique obs: 4197 / CC1/2: 0.877

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YVY

2yvy


解像度: 1.82→81.06 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1473 5.12 %
Rwork0.2246 --
obs0.2263 28748 89.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→81.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 25 212 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0632736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.192286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.870.35761600.31152690X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.39071060.3081868X-RAY DIFFRACTION69
1.94-2.020.37841290.27212739X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.110.29631220.2772066X-RAY DIFFRACTION76
2.11-2.220.3111370.27112754X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.32281200.27312019X-RAY DIFFRACTION74
2.36-2.540.34511540.26932768X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.33761190.27162288X-RAY DIFFRACTION82
2.8-3.20.27891490.24542780X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.040.25141330.20942303X-RAY DIFFRACTION81
4.04-81.060.19961440.19193000X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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