+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gpu | ||||||
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タイトル | YFV_E_YD6Fab_prefusion | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / neutralizing antibody / human antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yellow fever virus (黄熱ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Wu, L. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Innovation (N Y) / 年: 2022 タイトル: A neutralizing-protective supersite of human monoclonal antibodies for yellow fever virus. 著者: Li, Y. / Chen, Z. / Wu, L. / Dai, L. / Qi, J. / Chai, Y. / Li, S. / Wang, Q. / Tong, Z. / Ma, S. / Duan, X. / Ren, S. / Song, R. / Liang, M. / Liu, W. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gpu.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gpu.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8gpu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gpu_validation.pdf.gz | 506.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gpu_full_validation.pdf.gz | 573.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gpu_validation.xml.gz | 94.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gpu_validation.cif.gz | 144.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gptC 8gpxC 5jhlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43249.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89292 #2: 抗体 | 分子量: 23216.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23078.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 % |
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結晶化 | 温度: 289.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1% (w/v) tryptone, 0.05 M Na-HEPES, pH 7.0, and 12% (w/v) PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 191067 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 18252 / Rrim(I) all: 0.888 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JHL 解像度: 2.79→42.57 Å / SU ML: 0.3771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4464 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→42.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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