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万見
- PDB-8gpt: YFV_E_YD6scFv_postfusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpt
タイトルYFV_E_YD6scFv_postfusion
要素
  • Envelope protein
  • YD6_VH
  • YD6_VL
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / neutralizing antibody / human antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Li, Y. / Wu, L. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Innovation (N Y) / 年: 2022
タイトル: A neutralizing-protective supersite of human monoclonal antibodies for yellow fever virus.
著者: Li, Y. / Chen, Z. / Wu, L. / Dai, L. / Qi, J. / Chai, Y. / Li, S. / Wang, Q. / Tong, Z. / Ma, S. / Duan, X. / Ren, S. / Song, R. / Liang, M. / Liu, W. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
D: YD6_VH
E: YD6_VL
B: Envelope protein
F: YD6_VH
G: YD6_VL
C: Envelope protein
H: YD6_VH
I: YD6_VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,1159
ポリマ－204,1159
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23280 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area74460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.536, 150.866, 126.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.999, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein


分子量: 43249.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89292
#2: 抗体 YD6_VH


分子量: 12939.524 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 YD6_VL


分子量: 11849.030 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: in 0.1M ammonium sulfate, 0.3M sodium formate, 0.1M sodium acetate, 3% (w/v) PGA-LM, 5% (w/v) PEG 8,000, pH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→50 Å / Num. obs: 70474 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 67.14 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 6984 / CC1/2: 0.642

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JHL

5jhl


解像度: 3.07→49.62 Å / SU ML: 0.2486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2262
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 3176 4.88 %
Rwork0.2112 61887 -
obs0.2129 65063 87.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14130 0 0 0 14130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004114418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.671819548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04972193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00432505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.23425145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.07-3.110.3773260.3306463X-RAY DIFFRACTION15.24
3.11-3.160.3702800.32361161X-RAY DIFFRACTION38.64
3.16-3.210.3487930.31411780X-RAY DIFFRACTION58.26
3.21-3.270.37851100.30921930X-RAY DIFFRACTION63.12
3.27-3.330.39411030.30192370X-RAY DIFFRACTION76.59
3.33-3.390.31471400.28532671X-RAY DIFFRACTION88.04
3.39-3.460.30561490.26772871X-RAY DIFFRACTION93.93
3.46-3.540.30011710.24612940X-RAY DIFFRACTION97.28
3.54-3.620.24151710.24663033X-RAY DIFFRACTION98.37
3.62-3.710.2751460.24783057X-RAY DIFFRACTION98.83
3.71-3.810.24931520.2393022X-RAY DIFFRACTION98.76
3.81-3.920.26011390.2353053X-RAY DIFFRACTION99.01
3.92-4.050.26471490.20843032X-RAY DIFFRACTION99.19
4.05-4.190.24221540.20783068X-RAY DIFFRACTION99.32
4.19-4.360.20661530.18423039X-RAY DIFFRACTION99.16
4.36-4.560.19361470.16623047X-RAY DIFFRACTION98.4
4.56-4.80.2031390.16762948X-RAY DIFFRACTION95.96
4.8-5.10.211650.1763033X-RAY DIFFRACTION98.98
5.1-5.50.23021650.18073098X-RAY DIFFRACTION99.79
5.5-6.050.24391650.19453042X-RAY DIFFRACTION99.75
6.05-6.920.24561500.20923089X-RAY DIFFRACTION99.42
6.92-8.710.20461710.19113045X-RAY DIFFRACTION98.83
8.71-49.620.24251380.19563095X-RAY DIFFRACTION96.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9657422504-0.177847864275-1.106046240390.3490975004770.2042555457251.42476960289-0.128317447248-0.287934666774-0.1741475376610.1314941523460.06223808344210.144892937010.224934676038-0.06997673309440.1175437388540.386197134938-0.02108721617740.01915845590550.2592737619010.06289921355150.375592485814-55.03369111637.836391765234.0710872568
22.0571493267-0.0487306876643-0.6674662568330.302456688774-0.08867116329260.6787247997330.0731353257395-0.1650472142320.3667921357880.1312809605490.05421829642520.139745408876-0.179215954441-0.15411921307-0.1505269013550.4014310343130.03428530951360.03558985567950.312925842507-0.05255836796610.422384907063-55.010999926363.504155658833.6819299335
32.189415629490.343243713744-0.9774615399940.598457186862-0.2561327309241.09506685577-0.09252664148220.19762552993-0.0820404666919-0.07426171447670.0516748437240.2170523470990.0811505102587-0.3848455278360.03499290494870.273128212211-0.0149700558058-0.08267563749730.3487299746570.01720257477070.318496418375-66.227724333350.435672124714.4588288923
42.460129697780.7640357729740.465486732983.297766653561.133127673783.59284911977-0.2492882583320.57631864965-0.416740790491-0.286330784560.115231732138-0.153334222750.2979798340460.2430910090950.1448600322770.477218076586-0.1026814774740.08400448020010.432193948019-0.1434698995180.464953424757-23.725637001619.2747651586-11.5414253806
52.643812799381.36350674474-0.1340328856023.613236710791.171769352152.20933474471-0.1474645351610.25301998861-0.3938957332450.0172987161259-0.02717533564080.5466341766910.373421237222-0.6029065182680.1081915768840.476329296455-0.1132503065680.02946983208050.353179537546-0.1189785654590.638969387562-44.378383774917.2908826524-5.34623546018
64.19835460661-0.5951368157971.452687844662.0106343974-0.5561180752754.11964888941-0.0788849604047-0.5558387861860.3733628685510.0427989200495-0.0343069097238-0.2283762041580.11007360150.5988213800780.05626571662660.2825434604730.01157538347180.02379796414010.473632097936-0.06846572885420.2755963693342.2221462148352.068683121633.8001516772
73.13543429604-0.1085048909450.09238244152031.38370942933-0.2968648292564.24992772571-0.0736089972918-0.9239830618570.04310871994720.4538281250130.07265693108730.1030586249390.091290305475-0.3926991917350.007861119835770.347751210021-0.0195533467974-0.009934308106620.671949970964-0.09589963925410.310585142012-13.952841054450.199713121447.9857154339
82.10193998914-0.0473298704716-0.1881439542743.21305263342-1.617646208621.467570210640.05600819338040.6307454786170.67585918366-0.270790961246-0.0528223547222-0.374911954128-0.164130492054-0.01571515068910.02442843990280.4212144844650.06092977648430.03186773707530.451280189070.1740122067180.536790268564-25.087894158679.4642317267-14.6652655102
92.27116904575-0.2661835238470.1916325564122.54077863058-0.8433364201812.184124595110.0137872525085-0.1533629371380.5704536089140.2085179422490.03905189583740.588378584531-0.367604704293-0.465260936173-0.06023486583250.510955215280.1378123998970.04000437718650.517916867460.1619968072860.617772755943-43.653406056684.4989948473-4.6726757715
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA2 - 3981 - 391
22chain BBD2 - 3981 - 391
33chain CCG2 - 3981 - 391
44chain DDB1 - 1171 - 117
55chain EEC1 - 1121 - 112
66chain FFE1 - 1171 - 117
77chain GGF1 - 1121 - 112
88chain HHH1 - 1171 - 117
99chain III1 - 1121 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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