+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gpt | ||||||
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Title | YFV_E_YD6scFv_postfusion | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / neutralizing antibody / human antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yellow fever virus Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.07 Å | ||||||
Authors | Li, Y. / Wu, L. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Innovation (N Y) / Year: 2022 Title: A neutralizing-protective supersite of human monoclonal antibodies for yellow fever virus. Authors: Li, Y. / Chen, Z. / Wu, L. / Dai, L. / Qi, J. / Chai, Y. / Li, S. / Wang, Q. / Tong, Z. / Ma, S. / Duan, X. / Ren, S. / Song, R. / Liang, M. / Liu, W. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gpt.cif.gz | 790 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gpt.ent.gz | 589.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gpt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gpt_validation.pdf.gz | 479.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8gpt_full_validation.pdf.gz | 498 KB | Display | |
Data in XML | 8gpt_validation.xml.gz | 61.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8gpt_validation.cif.gz | 83.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8gpuC 8gpxC 5jhlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43249.832 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yellow fever virus / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q89292 #2: Antibody | Mass: 12939.524 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #3: Antibody | Mass: 11849.030 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.92 Å3/Da / Density % sol: 75 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: in 0.1M ammonium sulfate, 0.3M sodium formate, 0.1M sodium acetate, 3% (w/v) PGA-LM, 5% (w/v) PEG 8,000, pH5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.07→50 Å / Num. obs: 70474 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 67.14 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 6984 / CC1/2: 0.642 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JHL Resolution: 3.07→49.62 Å / SU ML: 0.2486 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.2262 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.07→49.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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