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万見
- PDB-8gpp: Acinetobacter baumannii carbonic anhydrase PaaY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpp
タイトルAcinetobacter baumannii carbonic anhydrase PaaY
要素Carbonic anhydrase
キーワードCARBOHYDRATE / Acinetobacter baumannii / carbonic anhydrase / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Wen, Y. / Jiao, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82072237; 31870132 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Mechanistic and structural insights into the bifunctional enzyme PaaY from Acinetobacter baumannii.
著者: Jiao, M. / He, W. / Ouyang, Z. / Qin, Q. / Guo, Y. / Zhang, J. / Bai, Y. / Guo, X. / Yu, Q. / She, J. / Hwang, P.M. / Zheng, F. / Wen, Y.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,76810
ポリマ－68,3483
非ポリマー4197
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.073, 93.123, 56.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 123 or (resid 124...
21(chain B and (resid 2 through 92 or (resid 93...
31(chain C and (resid 2 through 92 or (resid 93...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHR(chain A and (resid 2 through 123 or (resid 124...AA2 - 1239 - 130
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or (resid 124...AA124131
13PROPROSERSER(chain A and (resid 2 through 123 or (resid 124...AA2 - 1909 - 197
21PROPROGLYGLY(chain B and (resid 2 through 92 or (resid 93...BB2 - 929 - 99
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 92 or (resid 93...BB93100
23PROPROSERSER(chain B and (resid 2 through 92 or (resid 93...BB2 - 1909 - 197
31PROPROGLYGLY(chain C and (resid 2 through 92 or (resid 93...CC2 - 929 - 99
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 2 through 92 or (resid 93...CC93100
33HISHISSERSER(chain C and (resid 2 through 92 or (resid 93...CC1 - 1908 - 197

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase / PaaY


分子量: 22782.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: paaY, ATCC19606_22550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6F8THQ5
#2: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M PCTP buffer (propionic acid, cacodylate, bis-tris propane) pH = 8.0, 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→48.17 Å / Num. obs: 28739 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 38.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1344 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル解像度: 2.09→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 1.439 / Num. unique obs: 2509 / CC1/2: 0.511

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GPM

8gpm


解像度: 2.09→48.17 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1998 6.95 %
Rwork0.1968 51914 -
obs0.2008 28739 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.27 Å2 / Biso mean: 49.2061 Å2 / Biso min: 26.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 19 114 4429
Biso mean--60.54 49.81 -
残基数----569
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1140X-RAY DIFFRACTION1.117TORSIONAL
12B1140X-RAY DIFFRACTION1.117TORSIONAL
13C1140X-RAY DIFFRACTION1.117TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.120.4176960.38521335143171
2.12-2.140.38021180.36941609172784
2.15-2.170.31231280.32361705183389
2.17-2.20.34831400.3271852199296
2.2-2.230.39661430.30751908205199
2.23-2.270.34561430.30241906204999
2.27-2.30.29761430.29231909205299
2.3-2.340.3391380.26491902204099
2.34-2.380.3551410.26561910205199
2.38-2.420.34371410.26111896203798
2.42-2.470.30781460.25161882202898
2.47-2.520.30081420.24711858200098
2.52-2.580.33921400.24071877201796
2.58-2.640.26341400.21821850199099
2.64-2.70.26521430.22631922206599
2.7-2.780.29451430.20221908205199
2.78-2.860.22121440.20891913205799
2.86-2.950.22861450.20011908205399
2.95-3.050.3071380.21321846198498
3.05-3.180.28511420.20651862200496
3.18-3.320.25931410.192919462087100
3.32-3.50.27431440.193519002044100
3.5-3.720.261370.17721896203399
3.72-40.2431420.16621913205598
4-4.410.18331380.13981875201398
4.41-5.040.20151400.14171873201398
5.04-6.350.21111400.16571885202597
6.35-48.170.18011430.14541868201198
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.6556 Å / Origin y: 0.7655 Å / Origin z: 14.6631 Å
111213212223313233
T0.2526 Å20.0131 Å20.0006 Å2-0.2589 Å2-0.0069 Å2--0.2231 Å2
L1.2035 °20.0655 °2-0.1279 °2-2.8595 °2-0.5779 °2--1.0433 °2
S-0.0697 Å °-0.0865 Å °-0.0258 Å °0.1176 Å °0.11 Å °-0.0958 Å °-0.0618 Å °-0.0729 Å °-0.0393 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 190
2X-RAY DIFFRACTION1allA201
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 190
4X-RAY DIFFRACTION1allB201
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 201
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3
7X-RAY DIFFRACTION1allE1
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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