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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gpm | ||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii carbonic anhydrase | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase | ||||||
![]() | CARBOHYDRATE / Acinetobacter baumannii / carbonic anhydrase / trimer | ||||||
機能・相同性 | Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Carbonic anhydrase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wen, Y. / Jiao, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Acinetobacter baumannii carbonic anhydrase 著者: Wen, Y. / Jiao, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 899.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 901.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gppC ![]() 1v3wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21896.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: paaY, ATCC19606_22550 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M bis-tris pH=6.5, 45% v/v polypropylene glycol P400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→34.37 Å / Num. obs: 23637 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 38.7 % / Biso Wilson estimate: 27.06 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 28.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2337 / CC1/2: 0.832 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1V3W 解像度: 1.7→34.37 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.55 Å2 / Biso mean: 31.3313 Å2 / Biso min: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→34.37 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.2172 Å / Origin y: -29.817 Å / Origin z: 11.1088 Å
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精密化 TLSグループ |
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