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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gpe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 at pH5.5 (Succinate) in complex with hydrolyzed penicillin G | ||||||
![]() | Metallo beta lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, X. / Dai, Y. / Zhang, Q. / Liu, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Interplay between the beta-lactam side chain and an active-site mobile loop of NDM-1 in penicillin hydrolysis as a potential target for mechanism-based inhibitor design. 著者: Shi, X. / Dai, Y. / Lan, Z. / Wang, S. / Cui, L. / Xiao, C. / Zhao, K. / Li, X. / Liu, W. / Zhang, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28527.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Succinate pH5.5, 32%PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→38.93 Å / Num. obs: 81080 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 11.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.47 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 16723 / CC1/2: 0.869 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4RL2 解像度: 1.4→38.93 Å / SU ML: 0.1107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 13.7358 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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