PDB-8gpd: Crystal structure of NDM-1 at pH5.5 (Succinate) in complex with h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gpd

タイトル

Crystal structure of NDM-1 at pH5.5 (Succinate) in complex with hydrolyzed penicillin V

要素

Metallo beta lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Shi, X. / Dai, Y. / Zhang, Q. / Liu, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Interplay between the beta-lactam side chain and an active-site mobile loop of NDM-1 in penicillin hydrolysis as a potential target for mechanism-based inhibitor design.
著者: Shi, X. / Dai, Y. / Lan, Z. / Wang, S. / Cui, L. / Xiao, C. / Zhao, K. / Li, X. / Liu, W. / Zhang, Q.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gpd.cif.gz	253 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gpd.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gpd_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gpd_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8gpd_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	8gpd_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gpcC 8gpeC 8i8fC 4rl2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo beta lactamase NDM-1

B: Metallo beta lactamase NDM-1

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo beta lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo beta lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.140, 79.050, 134.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Metallo beta lactamase NDM-1 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM-1 / NDM1 ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1 分子量: 28527.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM1, NDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-JXF / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-phenoxyethanoylamino)ethyl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / フェノキシメチルペニシル酸分子量: 368.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Succinate pH5.5, 32%PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→35.08 Å / Num. obs: 79892 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.58 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.32
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 17119 / CC_1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定
PHENIX	1.19.1_4122	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RL2

4rl2

解像度: 1.4→35.08 Å / SU ML: 0.1034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 13.7895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1599	4081	5.11 %
R_work	0.124	75797	-
obs	0.1258	79878	96.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3576	0	55	638	4269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	3811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1313	5213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0945	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1973	576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2124	103	0.1646	1903	X-RAY DIFFRACTION	71.75
1.42-1.43	0.1727	104	0.1328	2053	X-RAY DIFFRACTION	76.98
1.43-1.45	0.1854	117	0.1155	2165	X-RAY DIFFRACTION	79.79
1.45-1.47	0.1799	123	0.112	2265	X-RAY DIFFRACTION	85.56
1.47-1.49	0.1637	135	0.1045	2373	X-RAY DIFFRACTION	88.31
1.49-1.51	0.1628	111	0.1018	2526	X-RAY DIFFRACTION	93.31
1.51-1.54	0.1729	132	0.0943	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.17
1.54-1.56	0.1537	149	0.0957	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.56-1.58	0.1459	139	0.0982	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.58-1.61	0.1471	142	0.099	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.61-1.64	0.1617	146	0.1036	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.64-1.67	0.1491	149	0.1049	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.67-1.71	0.1666	169	0.1062	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.71-1.74	0.1737	123	0.1154	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.74-1.78	0.1502	132	0.1085	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.78-1.83	0.1611	147	0.112	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.83-1.88	0.1339	158	0.1124	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.93	0.1679	147	0.116	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.93-2	0.1557	132	0.1203	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.07	0.1725	140	0.1232	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.07-2.15	0.1685	157	0.1231	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.15-2.25	0.1328	149	0.1169	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.37	0.1557	139	0.1241	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.52	0.1624	167	0.1316	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.71	0.1746	156	0.1422	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.71-2.98	0.1807	131	0.1395	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.98-3.41	0.1671	149	0.1359	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.3	0.1447	149	0.1236	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.3-35.08	0.1562	186	0.1428	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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