PDB-8gop: SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gop

タイトル

SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7

要素

SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 alpha
SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Private TCR / TCR-p-HLA

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wu, D. / Mariuzza, R.A.

資金援助

米国,

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI129893	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM126299	米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32100985	中国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into protection against a SARS-CoV-2 spike variant by T cell receptor (TCR) diversity.
著者: Wu, D. / Efimov, G.A. / Bogolyubova, A.V. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gop.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gop.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8gop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8gop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gomSC 8gonC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 beta

A: SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 alpha

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.178, 68.054, 63.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 beta 分子量: 27912.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 alpha 分子量: 23175.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M Sodium phosphate monobasic, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→34.8 Å / Num. obs: 10990 / % possible obs: 94.48 % / 冗長度: 9.39 % / CC_1/2: 0.842 / Net I/σ(I): 9.39
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1107 / CC_1/2: 0.647

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8GOM

8gom

解像度: 2.8→34.8 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2862	474	4.32 %
R_work	0.2311	10510	-
obs	0.2333	10984	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.33 Å² / B_iso mean: 35.4613 Å² / B_iso min: 20.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→34.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3483	0	0	117	3600
B_iso mean	-	-	-	29.54	-
残基数	-	-	-	-	443

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8-3.2049	0.3753	171	0.2863	3474	99
3.2049-4.0369	0.3233	132	0.2362	3509	98
4.0369-34.8	0.2338	171	0.2051	3527	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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