PDB-8god: Co-crystal structure of Human Protein-arginine deiminase type-4 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8god

タイトル

Co-crystal structure of Human Protein-arginine deiminase type-4 (PAD4) with small molecule inhibitor JBI-589

要素

Protein-arginine deiminase type-4

キーワード

HYDROLASE / Small molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Swaminathan, S. / Birudukota, S. / Vaithilingam, K. / Kandan, S. / Asaithambi, K. / Kathiresan, N. / Gosu, R. / Rajagopal, S. / Sadhu, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Alleviation of arthritis through prevention of neutrophil extracellular traps by an orally available inhibitor of protein arginine deiminase 4.
著者: Gajendran, C. / Fukui, S. / Sadhu, N.M. / Zainuddin, M. / Rajagopal, S. / Gosu, R. / Gutch, S. / Fukui, S. / Sheehy, C.E. / Chu, L. / Vishwakarma, S. / Jeyaraj, D.A. / Hallur, G. / Wagner, D.D. / Sivanandhan, D.

履歴

登録	2022年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8god.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8god.ent.gz	180.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8god.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8god_validation.pdf.gz	707.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8god_full_validation.pdf.gz	713.7 KB	表示
XML形式データ	8god_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	8god_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8god ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8god	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x8gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-4

ヘテロ分子

77.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-4

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.456, 60.879, 127.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.585, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV 分子量: 77319.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PAD4, PADI5, PDI5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-K3X / [(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-[2-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]indol-2-yl]-3-methyl-imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methanone 分子量: 481.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₈FN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.42 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 5% (v/v) Tascimate pH 7.0, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→46.81 Å / Num. obs: 18844 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.88→3.04 Å / R_merge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 2725 / CC_1/2: 0.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	7.1.018	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X8G

4x8g

解像度: 2.88→42.902 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.4 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	940	4.992 %
R_work	0.2054	17889	-
all	0.209	-	-
obs	-	18829	99.372 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.363 Å²	0 Å²	0.687 Å²
2-	-	14.049 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→42.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4429	0	36	4	4469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.653	6249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.164	1.58	9673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.514	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.287	23.231	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.441	15	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.304	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.178	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.777	6.603	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.775	6.602	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.597	9.884	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.597	9.886	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.549	6.681	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.549	6.68	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.245	9.954	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.245	9.953	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.919	76.791	4780
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.918	76.789	4781

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.88-2.955	0.435	58	0.386	1313	X-RAY DIFFRACTION	99.1323
2.955-3.036	0.368	71	0.337	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.2658
3.036-3.124	0.396	66	0.317	1227	X-RAY DIFFRACTION	99.0046
3.124-3.22	0.305	67	0.287	1195	X-RAY DIFFRACTION	99.4484
3.22-3.325	0.357	61	0.257	1183	X-RAY DIFFRACTION	99.361
3.325-3.442	0.289	59	0.248	1155	X-RAY DIFFRACTION	99.5898
3.442-3.571	0.295	66	0.225	1067	X-RAY DIFFRACTION	99.4732
3.571-3.717	0.334	48	0.242	1023	X-RAY DIFFRACTION	97.719
3.717-3.882	0.242	67	0.198	1012	X-RAY DIFFRACTION	99.5387
3.882-4.071	0.296	55	0.193	971	X-RAY DIFFRACTION	99.6116
4.071-4.291	0.21	43	0.18	932	X-RAY DIFFRACTION	99.6933
4.291-4.551	0.26	46	0.166	884	X-RAY DIFFRACTION	99.7854
4.551-4.864	0.19	57	0.152	813	X-RAY DIFFRACTION	99.6564
4.864-5.252	0.248	41	0.155	772	X-RAY DIFFRACTION	99.7546
5.252-5.752	0.29	26	0.172	713	X-RAY DIFFRACTION	100
5.752-6.428	0.242	27	0.208	660	X-RAY DIFFRACTION	100
6.428-7.416	0.25	36	0.199	580	X-RAY DIFFRACTION	100
7.416-9.069	0.251	18	0.165	495	X-RAY DIFFRACTION	99.8055
9.069-12.766	0.194	18	0.171	397	X-RAY DIFFRACTION	99.7596

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.8719 Å / Origin y: -0.1207 Å / Origin z: 12.2461 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3629 Å²	0.0048 Å²	-0.0468 Å²	-	0.0977 Å²	0.0299 Å²	-	-	0.3384 Å²
L	2.9052 °²	-0.2257 °²	-2.0226 °²	-	0.4133 °²	0.235 °²	-	-	3.7051 °²
S	-0.0129 Å °	-0.508 Å °	0.1306 Å °	0.0632 Å °	0.0174 Å °	-0.1077 Å °	-0.1236 Å °	0.3469 Å °	-0.0046 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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