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- PDB-8go7: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha N5+39A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8go7
タイトルFungal immunomodulatory protein FIP-nha N5+39A
要素Fungal immunomodulatory protein FIP-nha
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunomodulatory / anti-tumor / thermostable / hydrolysis resistance
機能・相同性Immunomodulatory protein FIP-Fve, fungal / Fungal immunomodulatory protein FIP-Fve superfamily / Fungal immunomodulatory protein Fve / : / regulation of immune system process / carbohydrate binding / Immunomodulatory protein Ling Zhi-8
機能・相同性情報
生物種Fusarium haematococcum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Liu, Y. / Bastiaan-Net, S. / Hoppenbrouwers, T. / Li, Z. / Wichers, H.J.
資金援助 中国, オランダ, 2件
組織認可番号国
Other government2017YFD0400204 中国
Other governmentKB-37-001-007 オランダ
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Glycosylation Contributes to Thermostability and Proteolytic Resistance of rFIP-nha ( Nectria haematococca ).
著者: Liu, Y. / Hoppenbrouwers, T. / Wang, Y. / Xie, Y. / Wei, X. / Zhang, H. / Du, G. / Imam, K.M.S.U. / Wichers, H. / Li, Z. / Bastiaan-Net, S.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha
A: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha
C: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha
D: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0224
ポリマ－56,0224
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.311, 101.304, 74.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Fungal immunomodulatory protein FIP-nha


分子量: 14005.526 Da / 分子数: 4 / 変異: N5A,N39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium haematococcum (菌類)
株: ATCC MYA-4622 / CBS 123669 / FGSC 9596 / NRRL 45880 / 77-13-4
遺伝子: NECHADRAFT_88285 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C7ZE17
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium choride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 29149 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 182087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.346.30.44115240.9160.190.4810.611100
2.34-2.386.70.40914760.9540.1690.4440.644100
2.38-2.4370.35515530.9660.1440.3830.696100
2.43-2.486.90.32114800.9660.1310.3470.824100
2.48-2.536.90.29514770.9660.120.3190.834100
2.53-2.596.70.25315320.9640.1050.2750.90199.9
2.59-2.666.10.25914790.40.1180.2861.29599.6
2.66-2.735.90.34114980.7680.1610.3782.09299.7
2.73-2.816.80.17715210.9790.0730.1921.17899.8
2.81-2.96.70.16614970.9790.0690.181.22599.3
2.9-36.50.13914900.9830.0590.1521.30798.9
3-3.126.30.13115200.9840.0570.1431.2198.2
3.12-3.265.80.11614340.9860.0520.1280.92396.4
3.26-3.445.80.1514280.8780.0690.1661.43495.8
3.44-3.655.60.13413840.8330.0610.1481.48391.1
3.65-3.935.40.13713250.9150.0650.1520.91887.5
3.93-4.335.30.09312750.9830.0430.1030.9183.1
4.33-4.955.60.07512890.9920.0340.0820.92785.4
4.95-6.245.90.0914410.9830.040.0990.90294
6.24-506.20.11715260.9880.0510.1280.99998.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-30007.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WDL

7wdl


解像度: 2.303→28.981 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 1451 4.99 %
Rwork0.2234 27654 -
obs0.2254 29105 96.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.18 Å2 / Biso mean: 54.4009 Å2 / Biso min: 38.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.303→28.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 0 103 3473
Biso mean---54.19 -
残基数----428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.303-2.38520.33421280.2724279098
2.3852-2.48070.33441860.26262875100
2.4807-2.59350.42391390.2882869100
2.5935-2.73020.3261680.2981281799
2.7302-2.90110.31691340.28142878100
2.9011-3.12480.30891370.2556287099
3.1248-3.43880.27411370.2424274196
3.4388-3.93540.25141160.2031259589
3.9354-4.95410.20371530.1711241784
4.9541-28.9810.21721530.1984280296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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