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万見
- PDB-8go5: Fungal immunomodulatory protein FIP-nha WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8go5
タイトルFungal immunomodulatory protein FIP-nha WT
要素Fungal immunomodulatory proteins
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunomodulatory / anti-tumor / thermostable / hydrolysis resistance
機能・相同性Immunomodulatory protein FIP-Fve, fungal / Fungal immunomodulatory protein FIP-Fve superfamily / Fungal immunomodulatory protein Fve / : / regulation of immune system process / carbohydrate binding / Immunomodulatory protein Ling Zhi-8
機能・相同性情報
生物種Fusarium haematococcum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.809 Å
データ登録者Liu, Y. / Bastiaan-Net, S. / Hoppenbrouwers, T. / Li, Z.
資金援助 中国, オランダ, 2件
組織認可番号国
Other government2017YFD0400204 中国
Other governmentKB-37-001-007 オランダ
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Glycosylation Contributes to Thermostability and Proteolytic Resistance of rFIP-nha ( Nectria haematococca ).
著者: Liu, Y. / Hoppenbrouwers, T. / Wang, Y. / Xie, Y. / Wei, X. / Zhang, H. / Du, G. / Imam, K.M.S.U. / Wichers, H. / Li, Z. / Bastiaan-Net, S.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
D: Fungal immunomodulatory proteins
B: Fungal immunomodulatory proteins
A: Fungal immunomodulatory proteins
C: Fungal immunomodulatory proteins
E: Fungal immunomodulatory proteins
G: Fungal immunomodulatory proteins
H: Fungal immunomodulatory proteins
F: Fungal immunomodulatory proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7338
ポリマ－112,7338
非ポリマー00
水19811
1
D: Fungal immunomodulatory proteins
B: Fungal immunomodulatory proteins
A: Fungal immunomodulatory proteins
C: Fungal immunomodulatory proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3664
ポリマ－56,3664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2
E: Fungal immunomodulatory proteins
G: Fungal immunomodulatory proteins
H: Fungal immunomodulatory proteins
F: Fungal immunomodulatory proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3664
ポリマ－56,3664
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.577, 74.467, 87.473
Angle α, β, γ (deg.)99.330, 112.150, 108.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...
21(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...
31(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...
41(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...
51(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...
61(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...
71(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...
81(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC5 - 1810 - 23
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC1924
13ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC5 - 11410 - 119
14ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC5 - 11410 - 119
15ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC5 - 11410 - 119
16ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 through 18 or (resid 19...AC5 - 11410 - 119
21ASNASNLYSLYS(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB5 - 1810 - 23
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB1924
23THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
24THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
25THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
26ARGARGARGARG(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB3035
27ARGARGARGARG(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB3035
28THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
29THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
210THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
211THRTHRTRPTRP(chain B and (resid 5 through 18 or (resid 19...BB4 - 1139 - 118
31ASNASNLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD5 - 1810 - 23
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD1924
33THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
34THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
35THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
37THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
38THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
39THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
310THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
311THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 5 through 18 or (resid 19...CD4 - 1149 - 119
41ASNASNASNASN(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA5 - 3410 - 39
42SERSERTYRTYR(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA35 - 3640 - 41
43THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA4 - 1149 - 119
44THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA4 - 1149 - 119
45THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA4 - 1149 - 119
46THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 5 through 34 or (resid 35...DA4 - 1149 - 119
51ASNASNLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE5 - 1810 - 23
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE1924
53THRTHRLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE4 - 1149 - 119
54THRTHRLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE4 - 1149 - 119
55THRTHRLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE4 - 1149 - 119
56THRTHRLYSLYS(chain E and (resid 5 through 18 or (resid 19...EE4 - 1149 - 119
61ASNASNLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH5 - 1810 - 23
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH1924
63THRTHRLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH4 - 1149 - 119
64THRTHRLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH4 - 1149 - 119
65THRTHRLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH4 - 1149 - 119
66THRTHRLYSLYS(chain F and (resid 5 through 18 or (resid 19...FH4 - 1149 - 119
71ASNASNGLYGLY(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF5 - 2910 - 34
72ARGARGARGARG(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF3035
73THRTHRLYSLYS(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF4 - 1149 - 119
74THRTHRLYSLYS(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF4 - 1149 - 119
75THRTHRLYSLYS(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF4 - 1149 - 119
76THRTHRLYSLYS(chain G and (resid 5 through 29 or (resid 30...GF4 - 1149 - 119
81ASNASNLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG5 - 1810 - 23
82LYSLYSLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG1924
83THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
84THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
85THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
87THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
88THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
89THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
810THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119
811THRTHRLYSLYS(chain H and (resid 5 through 18 or (resid 19...HG4 - 1149 - 119

-
要素

#1: タンパク質
Fungal immunomodulatory proteins


分子量: 14091.577 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium haematococcum (菌類)
株: ATCC MYA-4622 / CBS 123669 / FGSC 9596 / NRRL 45880 / 77-13-4
遺伝子: NECHADRAFT_88285 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C7ZE17
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 22% PEG 1000, 0.1M Sodium citrate pH3.5, 0.2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.809→50 Å / Num. obs: 33042 / % possible obs: 96.82 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 2.809→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 1675

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WDL

7wdl


解像度: 2.809→25.686 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1640 4.97 %
Rwork0.2187 --
obs0.2206 32986 96.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.22 Å2 / Biso mean: 67.0314 Å2 / Biso min: 31.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.809→25.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6995 0 0 11 7006
Biso mean---63.39 -
残基数----886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
12B3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
13C3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
14D3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
15E3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
16F3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
17G3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
18H3914X-RAY DIFFRACTION12.316TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.8091→2.8917 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3024 100 -
Rwork0.3157 2273 -
obs--83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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