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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gnh | ||||||
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タイトル | Complex structure of BD-218 and Spike protein | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Neutralizing monoclonal antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | ||||||
![]() | Wang, B. / Xu, H. / Su, X.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human antibody BD-218 has broad neutralizing activity against concerning variants of SARS-CoV-2. 著者: Bo Wang / Hua Xu / Zi-Teng Liang / Tian-Ning Zhao / Xin Zhang / Tian-Bo Peng / You-Chun Wang / Xiao-Dong Su / ![]() 要旨: As SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) reduce the effectiveness of existing anti-COVID therapeutics, it is increasingly critical to identify highly potent neutralizing antibodies (nAbs) that bind to ...As SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) reduce the effectiveness of existing anti-COVID therapeutics, it is increasingly critical to identify highly potent neutralizing antibodies (nAbs) that bind to conserved regions across multiple variants, especially beta, delta, and omicron variants. Using single-cell sequencing with biochemical methods and pseudo-typed virus neutralization experiments, here we report the characterization of a potent nAb BD-218, identified from an early screen of patients recovering from the original virus. We have determined the cryo-EM structure of the BD-218/spike protein complex to define its epitope in detail, which revealed that BD-218 interacts with a novel epitope on the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. We concluded that BD-218 is a highly effective and broadly active nAb against SARS-CoV-2 variants with promising potential for therapeutic development. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 601.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 481 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 134.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 190.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34164MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133781.312 Da / 分子数: 3 / 変異: R682G, R683S, R685S, K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | | 分子量: 34699.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | | 分子量: 25356.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25mM Tris, pH 8.0, 150mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.78125 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297084 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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