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- PDB-8gn3: The crystal structure of ZBTB10 ZF1-2 in complex with telomeric v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gn3
タイトルThe crystal structure of ZBTB10 ZF1-2 in complex with telomeric vairant repeat TTGGGG
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Telomeric DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, F.D. / Wang, S.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932122 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the recognition of telomeric variant repeat TTGGGG by broad-complex, tramtrack and bric-a-brac - zinc finger protein ZBTB10.
著者: Wang, S. / Xu, Z. / Li, M. / Lv, M. / Shen, S. / Shi, Y. / Li, F.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,65810
ポリマ－29,3966
非ポリマー2624
水4,270237
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8295
ポリマ－14,6983
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7010 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 10
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8295
ポリマ－14,6983
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.119, 82.304, 82.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 10 / Zinc finger protein RIN ZF


分子量: 7991.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB10, RINZF, RINZFC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96DT7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*A)-3')


分子量: 3435.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 3271.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES, pH 8.2, 40 % v/v PEG 500 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 23647 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 297558
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8310.31.14511440.70.3621.2040.9499.4
1.83-1.8611.71.02411130.770.3061.0710.9399.8
1.86-1.912.50.85311980.8750.2470.8890.92799.9
1.9-1.9412.80.74811500.8880.2140.7780.947100
1.94-1.9812.90.6411440.9230.1840.6670.932100
1.98-2.0312.60.55111690.9350.160.5740.948100
2.03-2.0811.70.42811760.9540.1290.4481.005100
2.08-2.1313.50.37311740.9720.1050.3880.9999.9
2.13-2.213.40.28311550.9830.0790.2940.97999.9
2.2-2.2713.30.25311790.9860.0710.2631.075100
2.27-2.3512.90.20111700.9880.0580.2091.003100
2.35-2.4412.70.15611950.9930.0450.1630.961100
2.44-2.5512.10.12911650.9950.0380.1350.99899.9
2.55-2.6913.40.10711680.9970.030.1110.98499.9
2.69-2.8613.20.08411860.9980.0240.0880.956100
2.86-3.08130.06511980.9980.0180.0670.946100
3.08-3.3912.20.04511840.9990.0130.0470.945100
3.39-3.8813.40.035122410.010.0370.88100
3.88-4.8812.10.0312370.9990.0090.0310.73199.9
4.88-40120.023131810.0070.0240.49699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→33.08 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1106 4.86 %
Rwork0.2 21673 -
obs0.2013 22779 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.22 Å2 / Biso mean: 23.5228 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 890 4 237 2088
Biso mean--12.74 28.84 -
残基数----161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.8820.3036950.2396214378
1.882-1.98120.25671210.2228270898
1.9812-2.10530.24341360.21642769100
2.1053-2.26780.25341460.20592747100
2.2678-2.49590.25181490.21482765100
2.4959-2.85690.251760.21112751100
2.8569-3.59870.21121530.18742838100
3.5987-33.080.17861300.18252952100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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