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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gn2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PPBQ-bound photosystem II complex | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / electron transfer / electron acceptor / Quinone | ||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kamada, S. / Nakajima, Y. / Shen, J.-R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the action mechanisms of artificial electron acceptors in photosystem II. 著者: Kamada, S. / Nakajima, Y. / Shen, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gn0C ![]() 8gn1C ![]() 3wu2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 38419.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 6794.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4590.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9449.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 3種, 47分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#29: 糖 | ChemComp-LMT / #36: 糖 | ChemComp-HTG / #39: 糖 | ChemComp-DGD / |
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+非ポリマー , 21種, 3526分子 ![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K3C.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | SEQUENCE ABOUT PRO A(A) 279, LEU K(K) 33, TRP K(K) 39 AND LEU M(M) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ...SEQUENCE ABOUT PRO A(A) 279, LEU K(K) 33, TRP K(K) 39 AND LEU M(M) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. THESE RESIDUES OF CHAIN C(C) ARE BASED ON THE DATABASE SEQUENCE FROM THERMOSYNE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1 詳細: 5% PEG1450, 20mM NaCl, 10mM CaCl2, 40mM MgSO4, 20mM MES buffer, pH 6.1, MICRO-BATCH METHOD UNDER OIL, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 583631 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 37.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 57320 / CC1/2: 0.704 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3wu2 解像度: 1.95→49.22 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5739 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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