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- PDB-8gn2: Crystal structure of PPBQ-bound photosystem II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gn2
タイトルCrystal structure of PPBQ-bound photosystem II complex
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem / electron transfer / electron acceptor / Quinone
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor ...Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2-phenylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2-phenylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Unknown ligand / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Y
類似検索 - 構成要素
生物種Thermostichus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kamada, S. / Nakajima, Y. / Shen, J.-R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the action mechanisms of artificial electron acceptors in photosystem II.
著者: Kamada, S. / Nakajima, Y. / Shen, J.R.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02025年7月30日Group: Atomic model / Data collection / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center protein X
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center protein X
z: Photosystem II reaction center protein Z
R: Photosystem II protein Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)748,842375
ポリマ－597,32639
非ポリマー151,516336
水58,3153237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.018, 229.579, 287.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P51765, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR7
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38419.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19052
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12240
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7DGD4
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19054
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12241
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12312
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP / Extrinsic protein O of oxygen-evolving complex


分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR2
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12313
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P56152
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR3
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR4
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6794.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR5
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y


分子量: 4590.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9449.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12238
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12239

-
タンパク質 , 1種, 2分子 Vv

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c / Extrinsic protein V of oxygen-evolving complex


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A387

-
糖 , 3種, 47分子

#29: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#36: 糖...
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#39: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

+
非ポリマー , 21種, 3526分子

#21: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#22: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#26: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#28: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#30: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#31: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 258.120 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成
#32: 化合物 ChemComp-K3C / 2-phenylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / 2-フェニル-1,4-ベンゾキノン


分子量: 184.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#35: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#37: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#38: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#40: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#41: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#42: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#43: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#44: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE ABOUT PRO A(A) 279, LEU K(K) 33, TRP K(K) 39 AND LEU M(M) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ...SEQUENCE ABOUT PRO A(A) 279, LEU K(K) 33, TRP K(K) 39 AND LEU M(M) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. THESE RESIDUES OF CHAIN C(C) ARE BASED ON THE DATABASE SEQUENCE FROM THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS Q8DIF8_THEEBS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1
詳細: 5% PEG1450, 20mM NaCl, 10mM CaCl2, 40mM MgSO4, 20mM MES buffer, pH 6.1, MICRO-BATCH METHOD UNDER OIL, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 583631 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 37.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 57320 / CC1/2: 0.704 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3wu2

3wu2


解像度: 1.95→49.22 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1814 29246 5.01 %
Rwork0.1526 553946 -
obs0.154 583192 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41111 0 10377 3237 54725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008253559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.214273178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05667375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00668419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.803621150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.37259800.369117981X-RAY DIFFRACTION96.94
1.97-20.34229570.327318193X-RAY DIFFRACTION97.88
2-2.020.328410100.303718145X-RAY DIFFRACTION98.08
2.02-2.050.30339750.279718185X-RAY DIFFRACTION98.02
2.05-2.070.2939510.26318258X-RAY DIFFRACTION98.04
2.07-2.10.27279780.248218249X-RAY DIFFRACTION98.19
2.1-2.130.27459230.236418257X-RAY DIFFRACTION98.2
2.13-2.160.26049750.224318244X-RAY DIFFRACTION98.34
2.16-2.20.23399310.203518355X-RAY DIFFRACTION98.42
2.2-2.230.23459310.191518321X-RAY DIFFRACTION98.36
2.23-2.270.22919340.186118371X-RAY DIFFRACTION98.54
2.27-2.310.21539590.170318366X-RAY DIFFRACTION98.57
2.31-2.360.20739950.166318315X-RAY DIFFRACTION98.57
2.36-2.40.21049380.159718375X-RAY DIFFRACTION98.62
2.4-2.460.19339580.151918424X-RAY DIFFRACTION98.74
2.46-2.510.18239820.143318435X-RAY DIFFRACTION98.81
2.51-2.580.18839830.14318410X-RAY DIFFRACTION98.85
2.58-2.650.17879770.13718446X-RAY DIFFRACTION98.97
2.65-2.720.172310020.13618457X-RAY DIFFRACTION98.98
2.72-2.810.18369930.135818569X-RAY DIFFRACTION99.1
2.81-2.910.17559600.130318478X-RAY DIFFRACTION99.07
2.91-3.030.17299760.135818578X-RAY DIFFRACTION99.19
3.03-3.170.17519690.137218631X-RAY DIFFRACTION99.34
3.17-3.330.159310080.133118582X-RAY DIFFRACTION99.29
3.33-3.540.161110010.13318648X-RAY DIFFRACTION99.37
3.54-3.820.16229620.130318675X-RAY DIFFRACTION99.32
3.82-4.20.15069850.125218751X-RAY DIFFRACTION99.47
4.2-4.810.133910130.117418845X-RAY DIFFRACTION99.53
4.81-6.060.156810050.134618972X-RAY DIFFRACTION99.59
6.06-49.220.192110350.176419430X-RAY DIFFRACTION99.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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