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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gmy | ||||||
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タイトル | Structure of methyltransferase | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / a protein / SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() amino acid sensor activity / cellular response to methionine / S-adenosyl-L-methionine binding / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / protein-containing complex binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Li, X.Z. / Wen, Y.N. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of methyltransferase 著者: Zhang, H. / Li, X.Z. / Wen, Y.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gmzC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27417.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Samtor, CG3570 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9W138, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG550 MME, MES/Sodiumhydroxid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→49.22 Å / Num. obs: 25095 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Num. unique obs: 3392 / CC1/2: 0.846 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: alphafold2 解像度: 1.7→32.22 Å / SU ML: 0.1996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.2867 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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