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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gmx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pilin-specific sortase SrtC2 from Lactobacillus rhamnosus GG | ||||||
![]() | Class C sortase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Pilin-specific sortase / cysteine-transpeptidase / pilus assembly / Ligilactobacillus rhamnosus GG / pilus / probiotics | ||||||
機能・相同性 | Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / hydrolase activity / membrane / Class C sortase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Das, S. / Megta, A.K. / Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of pilin-specific sortase SrtC2 from Lactobacillus rhamnosus GG 著者: Das, S. / Megta, A.K. / Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7cg9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17282.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 53103 / LMG 18243 / GG / 遺伝子: GM657_11825, LRHM_2278 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M Citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane pH 5.0, 16% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.604→34.814 Å / Num. obs: 4625 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.604→2.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 231 / CC1/2: 0.415 / Rpim(I) all: 0.61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7CG9 解像度: 2.61→34.81 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→34.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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