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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gmh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the ternary complex of TelA-LXG, LapA3, and LapA4 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Type VII secretion / protein secretion / bacterial toxin / targeting factors / signal sequence | ||||||
機能・相同性 | LXG domain / LXG domain of WXG superfamily / LXG domain profile. / Variable surface protein mvspG / LXG domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus intermedius B196 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Klein, T.A. / Shah, P.Y. / Gkragkopoulou, P. / Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Structure of a tripartite protein complex that targets toxins to the type VII secretion system. 著者: Klein, T.A. / Shah, P.Y. / Gkragkopoulou, P. / Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gmh.cif.gz | 419.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gmh.ent.gz | 286.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gmh_validation.pdf.gz | 479.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gmh_full_validation.pdf.gz | 482.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gmh_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gmh_validation.cif.gz | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gmh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25821.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus intermedius B196 (バクテリア) 遺伝子: SIR_0169 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1ZCZ9 #2: タンパク質 | 分子量: 15547.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus intermedius B196 (バクテリア) 遺伝子: SIR_0166.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #3: タンパク質 | 分子量: 9527.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus intermedius B196 (バクテリア) 遺伝子: SIR_0167 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1ZBE7 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.02M Magnesium chloride 0.1M HEPES:NaOH pH 7.5 22% (w/v) polyacrylic acid 5100 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31528 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.45 Å2 / CC1/2: 0.948 / CC star: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 1.725 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 117339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.08 Å / SU ML: 0.3873 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.1625 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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