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Yorodumi- PDB-8gmh: Crystal Structure of the ternary complex of TelA-LXG, LapA3, and LapA4 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gmh | ||||||
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Title | Crystal Structure of the ternary complex of TelA-LXG, LapA3, and LapA4 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Type VII secretion / protein secretion / bacterial toxin / targeting factors / signal sequence | ||||||
Function / homology | LXG domain / LXG domain of WXG superfamily / LXG domain profile. / Variable surface protein mvspG / LXG domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus intermedius B196 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Klein, T.A. / Shah, P.Y. / Gkragkopoulou, P. / Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2024 Title: Structure of a tripartite protein complex that targets toxins to the type VII secretion system. Authors: Klein, T.A. / Shah, P.Y. / Gkragkopoulou, P. / Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gmh.cif.gz | 419.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gmh.ent.gz | 286.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gmh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gmh_validation.pdf.gz | 479.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8gmh_full_validation.pdf.gz | 482.7 KB | Display | |
Data in XML | 8gmh_validation.xml.gz | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8gmh_validation.cif.gz | 45.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gmh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25821.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius B196 (bacteria) Gene: SIR_0169 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: T1ZCZ9 #2: Protein | Mass: 15547.171 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius B196 (bacteria) Gene: SIR_0166.1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #3: Protein | Mass: 9527.754 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius B196 (bacteria) Gene: SIR_0167 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: T1ZBE7 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.02M Magnesium chloride 0.1M HEPES:NaOH pH 7.5 22% (w/v) polyacrylic acid 5100 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 1, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 31528 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.45 Å2 / CC1/2: 0.948 / CC star: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 1.725 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 117339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→45.08 Å / SU ML: 0.3873 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.1625 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→45.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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