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- PDB-8gme: Crystal structure of the gp32-Dda-dT17 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gme
タイトルCrystal structure of the gp32-Dda-dT17 complex
要素
  • Dda helicase
  • dT17
  • gp32
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / T4 / gp32 / Dda / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dda helicase SH3 domain / Dda helicase SH3 domain / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding domain / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding superfamily / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding / gp32 DNA binding protein like / : / AAA domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Dda helicase SH3 domain / Dda helicase SH3 domain / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding domain / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding superfamily / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding / gp32 DNA binding protein like / : / AAA domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA helicase / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tequatrovirus T4 (ウイルス)
Tequatrovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.98 Å
データ登録者He, X. / Yun, M.K. / White, S.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM121293 米国
Other privateCA021765
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into the interaction between the bacteriophage T4 DNA processing proteins gp32 and Dda.
著者: He, X. / Yun, M.K. / Li, Z. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Churion, K.A. / Kreuzer, K.N. / Byrd, A.K. / White, S.W.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _software.classification / _software.name
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02023年12月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 3.12023年12月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_database_related / Item: _entity.pdbx_description
改定 3.22024年10月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 3.32025年1月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp32
C: Dda helicase
B: gp32
D: Dda helicase
P: dT17
Q: dT17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7158
ポリマ－181,5856
非ポリマー1312
水00
1
A: gp32
C: Dda helicase
P: dT17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8584
ポリマ－90,7923
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: gp32
D: Dda helicase
Q: dT17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8584
ポリマ－90,7923
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.862, 114.353, 147.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 gp32


分子量: 33545.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: 32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03695
#2: タンパク質 Dda helicase


分子量: 52120.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus (ウイルス) / 遺伝子: teqhal_52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9WEE3
#3: DNA鎖 dT17


分子量: 5126.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG4000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.1 M MgCl2. *** *** 25% (w/v) PEG1000; 0.1M Na/K phosphate pH 6.5; 0.2M NaCl.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-BM11.27046
シンクロトロンAPS 22-ID21
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX300-HS1CCD2013年11月26日
RAYONIX MX300-HS2CCD2014年3月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.270461
211
反射解像度: 4.98→29.56 Å / Num. obs: 8255 / % possible obs: 96.83 % / 冗長度: 10.56 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.0714 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 4.98→5.08 Å / 冗長度: 8.34 % / Mean I/σ(I) obs: 4.24 / Num. unique obs: 419 / CC1/2: 0.77 / Rsym value: 0.3891 / % possible all: 96.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-20001.14_3260データスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.98→29.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 24.36 / 位相誤差: 36.3875 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3133 436 5.3 %
Rwork0.2862 7796 -
obs0.2969 8232 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 200.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.98→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10565 400 2 0 10967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003811237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.789615265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04991683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.59636650

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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