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万見
- PDB-8gm8: Crystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UFA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gm8
タイトルCrystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UFA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / class I / shark / nurse shark / B2m / beta-2-microglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Castro, C.D. / Adams, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI170844-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of Shark CD1 Establishes Its Presence in the Primordial MHC
著者: Castro, C.D. / Adams, E.J.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I protein
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I protein
D: Beta-2-microglobulin
E: MHC class I protein
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9538
ポリマ－123,5106
非ポリマー4422
水00
1
A: MHC class I protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3913
ポリマ－41,1702
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I protein
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3913
ポリマ－41,1702
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
3
E: MHC class I protein
F: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1702
ポリマ－41,1702
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.065, 89.865, 90.080
Angle α, β, γ (deg.)63.570, 78.250, 80.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 MHC class I protein


分子量: 30321.963 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: Gici-UFA, UFA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 10848.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: B2M / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: F4ZE04
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→79.8 Å / Num. obs: 36200 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 96.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.83→2.96 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.036 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4278 / CC1/2: 0.674 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→79.8 Å / SU ML: 0.4273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.1873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1637 4.53 %
Rwork0.2287 34523 -
obs0.2306 36160 93.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 130.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→79.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7636 0 28 0 7664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01297834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.546210643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07991225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01111358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.59172900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-2.910.43571470.42672667X-RAY DIFFRACTION88.05
2.91-3.010.37711580.37482906X-RAY DIFFRACTION95.78
3.01-3.120.38481460.34392911X-RAY DIFFRACTION94.82
3.12-3.240.36111490.3352831X-RAY DIFFRACTION92.58
3.24-3.390.33631180.28662819X-RAY DIFFRACTION92.71
3.39-3.570.32881490.28132955X-RAY DIFFRACTION96.43
3.57-3.790.33541460.26782965X-RAY DIFFRACTION96.44
3.79-4.080.31291200.23952958X-RAY DIFFRACTION95.77
4.08-4.490.27241290.20192922X-RAY DIFFRACTION94.63
4.49-5.140.22751210.18712787X-RAY DIFFRACTION91.53
5.14-6.480.25031180.22433012X-RAY DIFFRACTION96.63
6.48-79.80.21661360.1872790X-RAY DIFFRACTION91.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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