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- PDB-8gm3: Vibrio harveyi Holo HphA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gm3
タイトルVibrio harveyi Holo HphA
要素Hemophilin
キーワードMETAL TRANSPORT / Heme Binding / Hemophore / Type XI Secretion System Cargo / Beta Barrel
機能・相同性HphA N-terminal heme-binding domain / HphA C-terminal domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / metal ion binding / HEME B/C / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.727 Å
データ登録者Pan, C. / Shah, M. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-115182 カナダ
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2024
タイトル: Prevalence of Slam-dependent hemophilins in Gram-negative bacteria.
著者: Shin, H.E. / Pan, C. / Curran, D.M. / Bateman, T.J. / Chong, D.H.Y. / Ng, D. / Shah, M. / Moraes, T.F.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemophilin
B: Hemophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6364
ポリマ－49,3992
非ポリマー1,2372
水6,449358
1
A: Hemophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3182
ポリマ－24,7001
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3182
ポリマ－24,7001
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.438, 81.080, 135.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

21B-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemophilin / Transferrin-binding protein B C-lobe/N-lobe beta barrel domain-containing protein


分子量: 24699.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: AL538_19455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A1PTD6
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The initial crystals of PUF1 were observed from a screen condition containing 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 with trypsin added to 3.53 mg/mL PUF1 at a 1:100 mass ratio. Further ...詳細: The initial crystals of PUF1 were observed from a screen condition containing 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 with trypsin added to 3.53 mg/mL PUF1 at a 1:100 mass ratio. Further optimization was performed to obtain better crystals that formed in 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.0, and 20% glycerol with streak seeding, trypsin at 0.06 mg/mL and PUF1 at 6.64mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.727→69.586 Å / Num. obs: 46308 / % possible obs: 92.03 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.07
反射 シェル解像度: 1.727→1.789 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 4480 / CC1/2: 0.732 / % possible all: 77.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998-000精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.727→69.586 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1844 4.3 %
Rwork0.2097 --
obs0.2116 42908 92.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.727→69.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3221 0 86 358 3665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8274615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4671853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.727-1.77370.4171170.29322594X-RAY DIFFRACTION77
1.7737-1.82590.31661250.28762782X-RAY DIFFRACTION83
1.8259-1.88480.33771390.27623017X-RAY DIFFRACTION88
1.8848-1.95220.3831090.34332689X-RAY DIFFRACTION80
1.9522-2.03040.23041440.22733117X-RAY DIFFRACTION92
2.0304-2.12280.2931410.23783157X-RAY DIFFRACTION93
2.1228-2.23470.25821460.20863140X-RAY DIFFRACTION92
2.2347-2.37470.31961470.24463222X-RAY DIFFRACTION94
2.3747-2.55810.27221500.22323358X-RAY DIFFRACTION98
2.5581-2.81550.27181560.21613432X-RAY DIFFRACTION99
2.8155-3.2230.23661530.19543407X-RAY DIFFRACTION99
3.223-4.06050.21711560.17193483X-RAY DIFFRACTION99
4.0605-69.5860.18971610.16373666X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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