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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gm2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T252E-CYP199A4 in complex with 4-methoxybenzoic acid soaked with 2 mM hydrogen peroxide | ||||||
要素 | Cytochrome P450シトクロムP450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome (シトクロム) / bacterial P450 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J.H.Z. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2024 タイトル: An In Crystallo Reaction with an Engineered Cytochrome P450 Peroxygenase. 著者: Lee, J.H.Z. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gm2.cif.gz | 93.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gm2.ent.gz | 67.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gm2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8glyC 8glzC 8gm1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44601.410 Da / 分子数: 1 / 変異: T252E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted with acetic acid to pH 5.0-5.75) and 20 - 32 % PEG 3350 PH範囲: 5.0 - 5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→44.34 Å / Num. obs: 15455 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 99887 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Num. measured all: 9512 / Num. unique obs: 1489 / CC1/2: 0.893 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.888 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→44.34 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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