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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8glx | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Transposon / AAA+ ATPase / Oligomer / Complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||
![]() | Shen, Y. / Guarne, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly of the Tn7 targeting complex by a regulated stepwise process. 著者: Yao Shen / Shreya S Krishnan / Michael T Petassi / Mark A Hancock / Joseph E Peters / Alba Guarné / ![]() ![]() 要旨: The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection ...The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection proteins from the TniQ family and the AAA+ adaptor TnsC to recruit and activate the transposase at specific target sites. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of TnsC bound to the TniQ domain of TnsD from prototypical Tn7 and unveil key regulatory steps stemming from unique behaviors of ATP- versus ADP-bound TnsC. We show that TnsD recruits ADP-bound dimers of TnsC and acts as an exchange factor to release one protomer with exchange to ATP. This loading process explains how TnsC assembles a heptameric ring unidirectionally from the target site. This unique loading process results in functionally distinct TnsC protomers within the ring, providing a checkpoint for target immunity and explaining how insertions at programmed sites precisely occur in a specific orientation across Tn7 elements. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 517.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 106.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 157.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40222MC ![]() 8gluC ![]() 8glwC ![]() 8vcjC ![]() 8vctC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Transposon Tn7 transposition protein ... , 2種, 8分子 GEFCABXY
#1: タンパク質 | 分子量: 59318.926 Da / 分子数: 6 / 変異: S2G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 36636.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 HI
#3: DNA鎖 | 分子量: 15438.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 15366.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 14分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.50 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1.4 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM MgCl2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm |
撮影 | 電子線照射量: 79 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287141 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8GLU Accession code: 8GLU / 詳細: TnsC and TnsD were modelled using PDB 8GLU. / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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