[日本語] English
万見
- PDB-8gl7: AncAR1 - progesterone - Tif2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gl7
タイトルAncAR1 - progesterone - Tif2
要素
  • Ancestral androgen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Androgen receptor / nuclear receptor / progesterone / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROGESTERONE / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Little, M.M. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R56DK115213 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionary tuning of a key helix drove androgen selectivity
著者: Little, M.M. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2023年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ancestral androgen receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5124
ポリマ－30,1052
非ポリマー4072
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.714, 69.714, 144.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Ancestral androgen receptor


分子量: 28998.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1106.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8.9, 4% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37209→49.3 Å / Num. obs: 14581 / % possible obs: 96.961 % / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 32.88 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.423 / Χ2: 0.713 / Net I/σ(I): 1.77
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 4584 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.411 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB-REDO精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→49.3 Å / SU ML: 0.2221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.2043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 722 5.03 %
Rwork0.1973 13635 -
obs0.1999 14357 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2113 0 29 56 2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99162965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0502333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0692288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.27431410.24252617X-RAY DIFFRACTION97.01
2.59-2.850.28111400.23092638X-RAY DIFFRACTION98.06
2.85-3.260.31891430.22562709X-RAY DIFFRACTION98.62
3.26-4.10.2591450.18782765X-RAY DIFFRACTION99.22
4.1-49.30.20211530.16912906X-RAY DIFFRACTION99.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43680913870.32648908693-0.04930691090471.03023885509-0.1839798959082.022187620.0289168010669-0.197731954256-0.2886899813340.113820549287-0.0538900631874-0.2274894243510.07354215841740.1708823188094.48030393424E-50.2141734651990.0202988058258-0.01282489559220.222705601357-0.01221881127850.23994260613-0.00376666384413-30.924300531720.7983616254
21.861492305830.431088185901-0.213340111292.330115848330.9073066264152.40941084037-0.0166508034670.0835113335262-0.170975158079-0.0496821456990.0935267980942-0.01425473109080.157854194207-0.02456712417435.36876486072E-50.183065207290.020063785236-0.01147810538730.2164712616440.0128773796060.195565893186-5.18485940065-32.567553309210.6425912021
32.722261393961.019487397840.8442372917292.27253335346-0.9501479781031.53147709116-0.0212516288634-0.0380287299960.420053243079-0.2716852531430.117441722004-0.382853422652-0.2468425512570.3270427301940.01516956656610.255137558877-0.0498602780989-0.01430041977190.3079506796570.04624432392220.2658489462884.07990087481-14.19021108377.0021141905
41.68624353639-0.4758648056590.1184600311241.792436946520.09984480105680.5308951599950.005196920019660.07707723747610.06179411083250.002187369538090.04327863572580.117958629403-0.103257476018-0.06011472755120.002702639266980.193197213584-0.0315057165988-0.02793590436810.297079012803-0.008600507069320.257078932892-11.1347407838-23.444041343213.7260268855
50.424986892259-0.2130968413360.2976009405570.125714112761-0.1962638880980.3929239936540.289683381653-0.03761596695420.8509365370730.354635574774-0.0992387776082-0.189995911285-0.2788779280440.814968779042-0.00885148169290.2854119002870.00675835548804-0.0006302069593930.333319505842-0.0488544406880.3563662475631.18491106097-19.316253135831.205032516
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 672 through 729 )AA672 - 7293 - 60
22chain 'A' and (resid 730 through 813 )AA730 - 81361 - 144
33chain 'A' and (resid 814 through 848 )AA814 - 848145 - 179
44chain 'A' and (resid 849 through 916 )AA849 - 916180 - 247
55chain 'D' and (resid 743 through 751 )DD743 - 7511 - 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る