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- PDB-8gkv: Crystal structure of anti-adaptor IraP that regulates RpoS proteolysis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gkv
タイトルCrystal structure of anti-adaptor IraP that regulates RpoS proteolysis
要素Anti-adapter protein IraP
キーワードGENE REGULATION / alpha helix
機能・相同性Sigma-S stabilisation anti-adaptor protein / Sigma-S stabilisation anti-adaptor protein / anti-sigma factor antagonist activity / cellular response to phosphate starvation / negative regulation of protein catabolic process / cytoplasm / Anti-adapter protein IraP
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.351 Å
Model detailsLeucine zipper-like protein
データ登録者Shaw, G.X. / Gan, J. / Suburaman, P. / Battesti, A. / Zhou, Y.N. / Wickner, S. / Gottesman, S. / Ji, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural and functional study of anti-adaptor IraP-mediated regulation of RpoS proteolysis
著者: Tripathi, A. / Hoskins, J. / Shaw, G.X. / Gan, J. / Tong, S. / Battesti, A. / Jenkins, L.M. / Ji, X. / Wickner, S. / Gottesman, S.
履歴
登録2023年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-adapter protein IraP
B: Anti-adapter protein IraP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,92715
ポリマ－20,0972
非ポリマー83013
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.335, 57.013, 48.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-218-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anti-adapter protein IraP


分子量: 10048.501 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, residues 1-86 / 変異: C23S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iraP, yaiB, b0382, JW0373 / プラスミド: IraPC23S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAN9

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非ポリマー , 5種, 43分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 % / Mosaicity: 0.806 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Tri-Na citrate, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k+l,h+l,-l / Fraction: 0.17
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 6391 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 21575
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.432.60.1565140.992177.4
2.43-2.532.80.1515951.021188.9
2.53-2.653.10.1276421.026196.7
2.65-2.793.50.1266630.998199.4
2.79-2.963.60.0966631.018199.8
2.96-3.193.70.0716651.0721100
3.19-3.513.70.0556561.126199.2
3.51-4.023.50.0446611.192198.1
4.02-5.063.40.0366461.225196.3
5.06-303.50.0356861.179198.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.351→29.064 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 710 11.11 %
Rwork0.2149 5745 -
obs0.2238 6390 95.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.6 Å2 / Biso mean: 55.296 Å2 / Biso min: 21.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.351→29.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数656 0 65 30 751
Biso mean--76.52 57.63 -
残基数----84
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.745916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.038274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3524-2.53380.28891110.2651999111075
2.5338-2.78830.26441310.23631176130788
2.7883-3.19090.2841320.23131191132390
3.1909-4.01650.22981320.20591184131689
4.0165-22.69990.22531330.21351195132888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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