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- PDB-8gkp: Crystal Structure Analysis of Aspergillus fumigatus alkaline protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gkp
タイトルCrystal Structure Analysis of Aspergillus fumigatus alkaline protease
要素(Alkaline protease ...) x 2
キーワードHYDROLASE / alpha-beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


oryzin / symbiont-mediated suppression of host immunoglobulin-mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host complement activation / elastin catabolic process / fibrinogen binding / IgE binding / serine-type peptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...oryzin / symbiont-mediated suppression of host immunoglobulin-mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host complement activation / elastin catabolic process / fibrinogen binding / IgE binding / serine-type peptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE / Alkaline protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Fernandez, D. / Diec, D.D.L. / Guo, W. / Russi, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Targeting Aspergillus allergen oryzin with a chemical probe at atomic precision.
著者: Pattelli, O.N. / Diec, D.D.L. / Guo, W. / Russi, S. / Fernandez, D.
履歴
登録2023年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Alkaline protease 1
C: Alkaline protease 1
J: Alkaline protease 1
D: Alkaline protease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,18122
ポリマ－79,0554
非ポリマー1,12618
水7,458414
1
I: Alkaline protease 1
C: Alkaline protease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,22214
ポリマ－39,5282
非ポリマー69412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
2
J: Alkaline protease 1
D: Alkaline protease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9598
ポリマ－39,5282
非ポリマー4316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.092, 75.218, 87.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Alkaline protease ... , 2種, 4分子 IJCD

#1: タンパク質 Alkaline protease 1 / ALP / Aspergillopeptidase B / Aspergillus proteinase B / Elastase / Elastinolytic serine proteinase / Oryzin


分子量: 10798.985 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 27-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: alp1, alk1, alp, AFUA_4G11800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28296, oryzin
#2: タンパク質 Alkaline protease 1 / ALP / Aspergillopeptidase B / Aspergillus proteinase B / Elastase / Elastinolytic serine proteinase / Oryzin


分子量: 28728.674 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 122-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: alp1, alk1, alp, AFUA_4G11800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28296, oryzin

-
非ポリマー , 6種, 432分子

#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PMF / PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE / PMSF / PMSF


分子量: 174.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7FO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 % / 解説: Plate
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: polyethyleneglycol 550 monomethylether, polyethyleneglycol 20,000, MES/Imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月17日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→86.197 Å / Num. all: 91847 / Num. obs: 91847 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 9.3 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 355823
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.55-1.633.80.9450.8130920.5531.0990.94595.6
1.63-1.733.90.6231.2126370.3570.7210.62397.4
1.73-1.853.80.391.9119000.230.4550.3997.3
1.85-23.90.2083.7109460.1210.2420.20896.4
2-2.193.90.1226.2103290.0710.1420.12298.3
2.19-2.453.80.0789.792160.0460.0910.07896.9
2.45-2.8340.05213.983080.030.060.05299
2.83-3.473.80.03717.469240.0220.0440.03797.7
3.47-4.940.02722.454880.0150.0310.02799.2
4.9-37.6093.80.0262030070.0150.030.02697.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→30.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.441 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 4546 5 %RANDOM
Rwork0.1529 ---
obs0.1556 87267 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.97 Å2 / Biso mean: 24.11 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0.09 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5542 0 68 414 6024
Biso mean--41.6 32.35 -
残基数----750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9397881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1895768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77924.957232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7315882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0821519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.30935802
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.5785145
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.66255967
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 317 -
Rwork0.275 6202 -
all-6519 -
obs--93.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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