PDB-8gkn: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gkn

タイトル

Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with S-naringenin

要素

UDP-glycosyltransferase 202A2

キーワード

TRANSFERASE / glycosylation / xenobiotic detoxification / flavonoids

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with S-naringenin
著者: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gkn.cif.gz	449.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gkn.ent.gz	284.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gkn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkn	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

B: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.728, 167.566, 63.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 437 / Label seq-ID: 11 - 437

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 202A2 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン分子量: 272.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein incubated with 1mM UDP- 5 mM naringenin, 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 26941 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1348 / CC_1/2: 0.73 / CC star: 0.919 / R_pim(I) all: 0.43 / R_rim(I) all: 1.133 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
SERGUI		データ収集
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→35.751 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 27.851 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.344 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	1289	4.801 %
R_work	0.1781	25558	-
all	0.181	-	-
obs	-	26847	99.699 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.177 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.136 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.751 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6623	0	90	132	6845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.643	9344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	1.566	15119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.367	5	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.956	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.455	10	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.318	10	277
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	5844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.067	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.743	2.958	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.737	2.958	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.441	5.313	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.441	5.313	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.516	3.318	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.515	3.319	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.766	5.941	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.766	5.942	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.208	35.269	28424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.21	35.251	28384
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	13142

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09448	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09448	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.316	93	0.314	1819	0.314	1946	0.931	0.95	98.2528	0.282
2.77-2.845	0.328	88	0.264	1822	0.267	1910	0.943	0.961	100	0.232
2.845-2.927	0.327	87	0.232	1747	0.237	1836	0.932	0.966	99.8911	0.199
2.927-3.017	0.235	90	0.202	1703	0.204	1795	0.963	0.973	99.8886	0.174
3.017-3.115	0.295	80	0.193	1659	0.198	1740	0.94	0.975	99.9425	0.161
3.115-3.223	0.236	84	0.2	1621	0.202	1708	0.967	0.973	99.8244	0.177
3.223-3.344	0.234	73	0.197	1553	0.199	1626	0.966	0.976	100	0.173
3.344-3.479	0.283	85	0.194	1480	0.199	1565	0.945	0.977	100	0.175
3.479-3.632	0.266	83	0.181	1427	0.186	1510	0.96	0.98	100	0.165
3.632-3.808	0.289	68	0.169	1384	0.174	1453	0.952	0.983	99.9312	0.158
3.808-4.011	0.191	63	0.162	1326	0.164	1390	0.974	0.985	99.9281	0.152
4.011-4.251	0.263	57	0.143	1259	0.148	1316	0.959	0.987	100	0.136
4.251-4.54	0.202	60	0.134	1175	0.136	1237	0.973	0.989	99.8383	0.129
4.54-4.897	0.19	52	0.132	1107	0.134	1162	0.98	0.989	99.7418	0.13
4.897-5.354	0.206	60	0.148	1013	0.151	1073	0.974	0.987	100	0.148
5.354-5.97	0.272	54	0.177	939	0.182	993	0.958	0.982	100	0.173
5.97-6.861	0.257	40	0.188	839	0.191	880	0.963	0.98	99.8864	0.188
6.861-8.327	0.219	31	0.164	717	0.166	748	0.962	0.983	100	0.177
8.327-11.469	0.133	30	0.144	578	0.143	617	0.987	0.988	98.5413	0.162
11.469-35.751	0.224	11	0.241	389	0.241	401	0.972	0.959	99.7506	0.265

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.05	-0.6518	-0.0456	1.7088	0.573	2.2531	-0.2145	-0.154	0.1382	0.0702	0.1855	0.3589	0.2112	-0.0632	0.029	0.073	0.0193	-0.0727	0.0938	0.0489	0.5212	-24.642	-12.311	-21.941
2	3.079	-0.4351	-0.6626	1.6041	-0.2342	1.8385	0.0028	-0.002	0.2966	-0.0759	0.1723	0.4478	-0.0802	-0.0604	-0.175	0.0236	0.001	-0.0726	0.0243	0.0368	0.627	-32.718	-3.159	-25.725
3	1.4128	-0.1874	-0.4161	2.0684	0.0734	1.2531	-0.0173	0.1115	0.183	-0.4499	0.05	0.1045	0.0919	0.048	-0.0326	0.1149	-0.0151	-0.0516	0.0216	0.0464	0.2984	-12.486	-8.446	-37.882
4	1.5276	-1.319	-0.6241	4.1973	-0.4358	2.255	-0.1244	-0.0592	-0.2477	-0.0213	-0.0458	-0.1007	0.3237	0.0399	0.1702	0.1242	0.0387	0.0418	0.0188	0.0207	0.3035	0.562	-38.084	-25.401
5	1.7534	-1.2953	-0.6283	3.5504	0.8607	2.6098	-0.2443	-0.2978	-0.2451	0.2164	0.3024	-0.5057	0.6083	0.355	-0.0582	0.2794	0.2062	0.0366	0.1727	0.0518	0.6447	10.027	-45.961	-21.31
6	2.0668	-0.9725	-1.4263	3.3105	1.7131	2.26	-0.1625	-0.4534	0.0744	0.5524	0.3607	-0.4797	0.2102	0.4663	-0.1983	0.1734	0.1412	-0.1083	0.2391	-0.0181	0.272	3.538	-26.91	-8.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	11 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	113 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	257 - 437

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