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- PDB-8gkl: Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gkl
タイトルCrystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6
要素
  • MUC16 antibody AR9.6 Fab heavy chain
  • MUC16 antibody AR9.6 Fab light chain
  • Mucin-16
キーワードIMMUNE SYSTEM / CA125
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mucin-16 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Aguilar, E.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R15CA242349 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the MUC16 Specific Antibody AR9.6
著者: Brooks, C.L. / Aguilar, E.N.
履歴
登録2023年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Mucin-16
L: MUC16 antibody AR9.6 Fab light chain
H: MUC16 antibody AR9.6 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3113
ポリマ－63,3113
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.470, 124.360, 235.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mucin-16 / MUC-16 / Ovarian cancer-related tumor marker CA125 / CA-125 / Ovarian carcinoma antigen CA125


分子量: 14210.087 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA5 domain, residues 12695-12821 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC16, CA125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXI7
#2: 抗体 MUC16 antibody AR9.6 Fab light chain


分子量: 23884.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 MUC16 antibody AR9.6 Fab heavy chain


分子量: 25216.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M PCTP pH 4.0 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.521 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.521 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.74 Å / Num. obs: 212625 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 51.23 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rpim(I) all: 0.06427 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 17395 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.3758

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→42.74 Å / SU ML: 0.451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 959 5 %
Rwork0.2154 18214 -
obs0.2181 19173 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 0 124 4224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4745734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7932579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.48651320.39122506X-RAY DIFFRACTION97.45
2.74-2.910.38611310.33362489X-RAY DIFFRACTION98.53
2.91-3.130.32361370.26242615X-RAY DIFFRACTION99.49
3.13-3.450.27331370.22652600X-RAY DIFFRACTION99.74
3.45-3.950.25831360.19362572X-RAY DIFFRACTION99.82
3.95-4.970.24221390.15822659X-RAY DIFFRACTION99.79
4.97-100.21441470.20462773X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57658001875-0.931595096341-3.689184109793.780420183433.902371075118.756638675140.3311869096260.4122002086540.333066747323-0.420441657856-0.2293184603660.256149341443-0.7932328872240.0753719702471-0.1519781994550.2285093781110.007941982984540.06680234881530.2412144143780.07035209940140.395196431054-14.464342172320.416934978751.4768757612
24.125977016760.553982522621-1.311450443085.55686806424-2.669523459657.244681003140.244648827451-0.04390226399020.3896581342440.1834252976070.1584713803570.3746041941170.1089242613910.0868670754647-0.3459515567780.194853052990.04123557655770.04409899253470.4525095820420.019410830140.418107075031-9.3429943322714.730774791954.2547943251
30.986759121418-1.3928468735-1.956102942244.602834463631.290225286084.637166664350.348140118739-0.01594105640670.5416361975180.0979370894998-0.1735810981730.071173174392-0.6562402257850.0206007741274-0.06161655842960.345683663651-0.0705740558840.1206778841220.319046801481-0.04920868981610.471767539539-13.268268565223.167335706353.0742396908
45.42426802328-2.18117194722-1.166539417827.483976720620.2810331924063.997523780660.6818651712550.8094304920981.00238052344-0.219517623932-0.213800922737-0.357626612494-0.890415670578-0.258113673176-0.4690911721690.4649418071160.0745006214090.1785833809420.4384513463350.1704492685120.528421178493-13.781030361128.704834400643.4703808166
52.59160902691-0.203636711821-1.26794047264.32684341299-0.05890798134452.349018073-0.210718290377-0.025130289346-0.157251282316-0.376842143110.09408905946540.1386905612010.6172439908670.1762541493010.1013649534190.3636688112180.02090033135850.02640550703690.3355054090340.04667708959360.2844753321836.53479375847-5.2537899068641.0882027114
63.919838609040.879313616279-2.639327563323.12062948508-0.9123778739665.7008378019-0.463200019145-0.187210964378-0.2738509965450.2783725848350.205787808672-0.1132689594310.7179643277510.3564389095940.291779761330.56695212250.07414243012740.1445616798730.611628069264-0.07593971543260.48655268139925.9146444281-18.970426630312.6266101174
75.779406355770.773373317216-0.802977878471.602019834790.1262195494193.0818662218-0.3996913253870.464133965413-0.0815370944197-0.5430664123420.233511767040.0555656227193-0.00430293208307-0.1109665664180.1146883455890.4545262511620.0603615532102-0.002081722170950.3777156321450.06623493719690.3449478269775.1381641013413.245893537824.6844103974
86.06833051640.594771379922-0.5435229796683.67041802272-0.01241073432256.214595905540.05099279016980.1247632452230.274679384713-0.401409110639-0.0584738382043-0.156361296999-0.2450330873250.3723919450780.008435093376180.3424588644590.0452191976310.06103337996980.2861895031210.04064983775970.2803761730617.5916773359117.346519883831.3971822249
91.42861052931-0.228933197661-1.839286365380.4087413482410.9499415302872.598190055770.08595471317080.228712195256-0.0854488672121-0.138255813921-0.09143471765110.170194025858-0.163983214633-0.0999207506063-0.02035373486150.3828782192240.0520478530543-0.02489302980960.4548693107410.09741918728020.38730502949410.01808959246.1250758721524.7964665413
101.20528951369-0.837518739329-1.737845820322.468140590441.031495257213.53787262056-0.1746459508010.11541262071-0.5682474548780.272993190246-0.00174487790228-0.07190233672590.237576577262-0.4717039650840.2043105150050.381878681654-0.03818175628420.09453681857650.623629023926-0.05212909837820.38188656477516.0441734899-7.6066979030511.8556011335
112.47393552942-0.844975192145-1.009108076031.27740101541.065344257185.001332616480.1507473016930.43203116761-0.2190120591-0.462650699232-0.117816500913-0.10717728180.306115821897-1.069421905530.03503879974970.481074211667-0.1235536160640.03794029414860.965173196277-0.1147414408540.42949816216111.0786879194-9.692702787482.07479155745
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 36 through 53 )EA36 - 531 - 18
22chain 'E' and (resid 54 through 80 )EA54 - 8019 - 45
33chain 'E' and (resid 81 through 123 )EA81 - 12346 - 80
44chain 'E' and (resid 124 through 159 )EA124 - 15981 - 116
55chain 'H' and (resid 1 through 117 )HB1 - 1171 - 117
66chain 'H' and (resid 118 through 216 )HB118 - 216118 - 214
77chain 'L' and (resid 2 through 39 )LC2 - 391 - 38
88chain 'L' and (resid 40 through 83 )LC40 - 8339 - 82
99chain 'L' and (resid 84 through 136 )LC84 - 13683 - 135
1010chain 'L' and (resid 146 through 193 )LC146 - 193136 - 183
1111chain 'L' and (resid 194 through 223 )LC194 - 223184 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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