[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8gkl: Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gkl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / CA125 | ||||||
Function / homology | Function and homology information Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / Golgi lumen / vesicle / cell adhesion / external side of plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Brooks, C.L. / Aguilar, E.N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Mol.Cancer Ther. / Year: 2024 Title: Structural Basis for Multivalent MUC16 Recognition and Robust Anti-Pancreatic Cancer Activity of Humanized Antibody AR9.6. Authors: Aguilar, E.N. / Sagar, S. / Murray, B.R. / Rajesh, C. / Lei, E.K. / Michaud, S.A. / Goodlett, D.R. / Caffrey, T.C. / Grandgenett, P.M. / Swanson, B. / Brooks, T.M. / Black, A.R. / van ...Authors: Aguilar, E.N. / Sagar, S. / Murray, B.R. / Rajesh, C. / Lei, E.K. / Michaud, S.A. / Goodlett, D.R. / Caffrey, T.C. / Grandgenett, P.M. / Swanson, B. / Brooks, T.M. / Black, A.R. / van Faassen, H. / Hussack, G. / Henry, K.A. / Hollingsworth, M.A. / Brooks, C.L. / Radhakrishnan, P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gkl.cif.gz | 269.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8gkl.ent.gz | 179.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gkl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gkl_validation.pdf.gz | 441.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8gkl_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | Display | |
Data in XML | 8gkl_validation.xml.gz | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8gkl_validation.cif.gz | 29.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8gkjC 8gkkC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14210.087 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SEA5 domain, residues 12695-12821 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MUC16, CA125 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q8WXI7 |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 23884.375 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#3: Antibody | Mass: 25216.111 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.69 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M PCTP pH 4.0 25% PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 1.521 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.521 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→42.74 Å / Num. obs: 212625 / % possible obs: 99.21 % / Redundancy: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 51.23 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rpim(I) all: 0.06427 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 17395 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.3758 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→42.74 Å / SU ML: 0.451 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.0324 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→42.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|