PDB-8gkk: Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gkk

タイトル

Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6

要素

MUC16 antibody AR9.6 heavy chain
MUC16 antibody AR9.6 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / CA125

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Brooks, C.L. / Murray, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for Multivalent MUC16 Recognition and Robust Anti-Pancreatic Cancer Activity of Humanized Antibody AR9.6.
著者: Aguilar, E.N. / Sagar, S. / Murray, B.R. / Rajesh, C. / Lei, E.K. / Michaud, S.A. / Goodlett, D.R. / Caffrey, T.C. / Grandgenett, P.M. / Swanson, B. / Brooks, T.M. / Black, A.R. / van ...

履歴

登録	2023年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gkk.cif.gz	311.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gkk.ent.gz	210.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8gkk_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gkk_full_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示
XML形式データ	8gkk_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8gkk_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8gkjC 8gklC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: MUC16 antibody AR9.6 heavy chain

L: MUC16 antibody AR9.6 light chain

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.736, 94.974, 110.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	MUC16 antibody AR9.6 heavy chain 分子量: 23988.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	MUC16 antibody AR9.6 light chain 分子量: 23654.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 7.0 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→57.14 Å / Num. obs: 436695 / % possible obs: 97.57 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.27 Å² / CC_1/2: 0.905 / R_merge(I) obs: 0.07045 / R_pim(I) all: 0.03076 / Net I/σ(I): 14.07
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / R_merge(I) obs: 0.5148 / Num. unique obs: 33472 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.23577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→57.14 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 17.3743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	3514	5.03 %
R_work	0.1671	66284	-
obs	0.1683	69798	97.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→57.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3249	0	5	692	3946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	3338
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8665	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0569	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1549	467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.2759	115	0.2722	2139	X-RAY DIFFRACTION	80.5
1.77-1.8	0.277	127	0.2499	2527	X-RAY DIFFRACTION	92.54
1.8-1.83	0.2612	138	0.2425	2502	X-RAY DIFFRACTION	95.1
1.83-1.85	0.2446	152	0.2292	2593	X-RAY DIFFRACTION	97.1
1.85-1.89	0.2351	112	0.2008	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.46
1.89-1.92	0.2146	137	0.1877	2644	X-RAY DIFFRACTION	97.89
1.92-1.95	0.2101	151	0.1847	2636	X-RAY DIFFRACTION	98.17
1.95-1.99	0.2233	143	0.1683	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.15
1.99-2.03	0.2093	139	0.1686	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.03-2.07	0.2153	125	0.1759	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.07-2.12	0.1989	150	0.1763	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.12-2.18	0.2081	144	0.1767	2648	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.18-2.24	0.1585	131	0.158	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.24-2.3	0.1837	137	0.1478	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.3-2.38	0.1969	150	0.1504	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.38-2.46	0.1783	150	0.1508	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.46-2.56	0.1962	148	0.1545	2670	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.56-2.67	0.1864	147	0.1593	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.68-2.82	0.2044	140	0.1677	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.82-2.99	0.2216	131	0.1655	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.99-3.22	0.1867	168	0.1568	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.22-3.55	0.1516	156	0.1474	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.55-4.06	0.169	141	0.1451	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.06-5.12	0.1526	150	0.1356	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.12-10	0.2342	132	0.2253	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.57624648573	1.609440241	-4.29779920587	1.24214031629	-1.52997076047	3.41883716485	-0.222857002519	-0.0806333678306	-0.205989125486	0.00862266508489	-0.115808385225	-0.148776981003	-0.188546715359	0.22043062061	0.376943225942	0.214571934409	0.0159003553583	-0.0501766673384	0.234256163553	0.0377814944875	0.222011045707	27.7152495843	51.2678675571	39.7517977251
2	1.68361708069	0.68436982265	-0.317396434101	1.4679131501	-0.712123762835	1.66413441718	0.0387345933264	-0.0602341413772	0.0919551150977	0.130823915379	0.00998068349754	0.0754961757128	-0.13093178833	-0.0331359401763	-0.0500874990049	0.185787609134	0.00239063282757	0.0194219192196	0.17868269036	0.0161131065735	0.157122451776	24.0011605253	55.4577589037	29.2824639338
3	7.46379443766	1.85650599071	-0.0269463722007	3.40045120041	0.241057018982	3.63463008644	-0.1503012285	-0.660302263136	0.0206441592128	0.263130939321	0.0103448412266	0.300428742629	-0.309762042368	-0.300929972005	0.120567534356	0.241349867175	0.0403378565112	0.02730828552	0.185776967193	0.0259886487395	0.152952057888	21.8361495815	61.1222913493	33.6635734257
4	0.716789659225	-0.0752194103076	-2.13865712039	4.90905325106	-0.943098855097	6.64481872124	0.0830973531045	-0.0309892422755	0.148765889459	0.33810774911	0.0161596450888	0.407958229692	-0.466276770563	-0.216892410959	-0.160501430371	0.188026829839	0.038633519603	-0.0291424454011	0.191424915116	0.00470261299673	0.152388185602	21.0399439293	56.332519764	39.9662710625
5	1.1400153036	0.400533710232	-1.56008223479	0.636105152235	-0.966288793533	6.71212085069	-0.055096398513	-0.0562021383103	0.0241238017382	-0.0700266277139	0.0231329244689	-0.0588866553786	0.0340634978914	0.12325395404	0.0524913723573	0.195514515324	-0.0159979606144	-0.00132658136469	0.150863869548	0.0161467301609	0.186799764163	25.0398706146	49.8395363105	24.8290394336
6	0.509012522538	-0.839085919678	-0.402732305278	3.89204602384	0.866874241004	1.31671616843	-0.0514134608142	-0.02490042948	-0.0533443905847	0.0699341684117	0.0703633767526	0.0523904795786	-0.00679029232981	0.0195678716625	-0.0201840603196	0.0984401327992	-0.000694971993858	-0.000254290370274	0.172013417997	-0.00971657818572	0.146969612303	27.7018425237	28.6343811834	47.9012690789
7	1.65400768887	-2.66603816684	-0.294549332799	9.84563046895	0.696176782156	0.807872181475	-0.0187950838506	0.0651718464449	0.127426947285	0.262097486707	0.056385293348	-0.607674264995	0.0220696733598	0.0491061744543	-0.033304213178	0.108564185119	0.00294297472075	-0.0293676731176	0.173190253176	-0.0247981540781	0.174007013751	36.9334394518	27.3824141236	49.9914621252
8	3.76961519393	-3.33840774908	0.271236892703	6.02551170204	-1.01192711121	1.40385514982	0.0596049939454	0.0316558734913	-0.346231910649	-0.344139250544	0.153767843681	0.526500530237	0.281388033264	-0.222731442622	-0.196707070051	0.253898064607	-0.0531151788127	-0.0394374672007	0.256510652594	0.0592097015043	0.243412509505	9.13648827613	34.9528762046	20.6004430212
9	2.30892889016	-0.945128828659	1.01135084545	3.3161750506	-1.18409022271	3.1875765274	-0.000332587537188	0.0887945741276	-0.0697439235302	-0.196156054651	0.01233726136	0.017045332549	0.0515676684839	-0.0276989168134	-0.00258252335394	0.165078664379	-0.0253192791327	0.00205173842024	0.159706594313	0.0246355263023	0.150551543715	16.2327641987	42.896525345	15.9029235856
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11	2.06738448805	0.420131116832	-1.21611486368	0.631251277725	-0.0699602018769	5.19770353683	-0.0346486564438	0.014250001928	-0.0540107450447	-0.0783340080421	0.0557658561548	0.186852683944	-0.0529445874806	-0.271739929142	0.0241597449544	0.152197299505	0.0274822601839	-0.00126204895523	0.141935702004	0.0110032423478	0.194459634072	16.4477457701	18.1569652765	44.7920776732
12	1.96959619678	2.26471732187	-3.21509679584	4.66994440123	-5.19268565694	7.1945325963	0.0125679565865	-0.0349590340587	-0.0547124331021	-0.116089019796	0.070715783873	0.254167810785	0.205498929566	-0.203928552094	-0.0877893584207	0.130425968373	0.00279487486876	0.00674174125232	0.202831715928	0.00291347988981	0.210687132581	11.5236794223	19.6516926707	52.555021744
13	0.840175251791	0.538277453146	-1.35729518809	1.10014726072	-1.35552234419	9.40715460646	0.056518698526	-0.168916433999	-0.0360327252046	0.0859370547884	0.0257333057509	0.0508201497523	-0.120585977663	0.187277778333	-0.0613160227953	0.135411894914	0.021885854241	0.00197141829166	0.185613481579	0.0150341356378	0.192717097522	19.8249359912	21.8352756106	46.4415898286
14	1.93163200164	0.674131362234	1.3634241718	1.81376603182	0.274827572661	8.71573288567	-0.0242383168193	-0.0677056169908	-0.194983205162	0.0180758462379	0.00385100092522	0.0821074667064	0.551109087264	-0.284525804086	-0.0145852054438	0.183708585066	-0.000127471601329	0.0270414846014	0.185639955464	0.0255176755026	0.248338824036	15.9498107049	10.2375979708	49.1167254432

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
2	2	chain 'H' and (resid 18 through 60 )	H	A	18 - 60	18 - 60
3	3	chain 'H' and (resid 61 through 76 )	H	A	61 - 76	61 - 76
4	4	chain 'H' and (resid 77 through 91 )	H	A	77 - 91	77 - 91
5	5	chain 'H' and (resid 92 through 119 )	H	A	92 - 119	92 - 119
6	6	chain 'H' and (resid 120 through 198 )	H	A	120 - 198	120 - 193
7	7	chain 'H' and (resid 199 through 224 )	H	A	199 - 224	194 - 219
8	8	chain 'L' and (resid 1 through 24 )	L	C	1 - 24	1 - 24
9	9	chain 'L' and (resid 25 through 79 )	L	C	25 - 79	25 - 79
10	10	chain 'L' and (resid 80 through 132 )	L	C	80 - 132	80 - 132
11	11	chain 'L' and (resid 133 through 154 )	L	C	133 - 154	133 - 154
12	12	chain 'L' and (resid 155 through 167 )	L	C	155 - 167	155 - 167
13	13	chain 'L' and (resid 168 through 192 )	L	C	168 - 192	168 - 192
14	14	chain 'L' and (resid 193 through 215 )	L	C	193 - 215	193 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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