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- PDB-8gjv: Chemical synthesis of maxamycins: Intermediate compound 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjv
タイトルChemical synthesis of maxamycins: Intermediate compound 10
要素Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
キーワードANTIBIOTIC / vancomycin multi-drug resistance
機能・相同性METHANOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Moore, M.J. / Boger, D.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Divergent Total Synthesis and Characterization of Maxamycins.
著者: Moore, M.J. / Qin, P. / Keith, D.J. / Wu, Z.C. / Jung, S. / Chatterjee, S. / Tan, C. / Qu, S. / Cai, Y. / Stanfield, R.L. / Boger, D.L.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features / Item: _pdbx_molecule_features.prd_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02024年4月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 4.02024年9月11日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
B: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
C: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
D: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,13449
ポリマ－6,6924
非ポリマー1,44245
水21612
1
A: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The molecules have chain IDs A,B,C,D, but the widget below is saying those chain ID's do not exist. But whatever they are called, there are 4 molecules in the AU along with solvent.
  • 1.96 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,96110
ポリマ－1,6731
非ポリマー2889
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,09014
ポリマ－1,6731
非ポリマー41713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,05813
ポリマ－1,6731
非ポリマー38512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,02612
ポリマ－1,6731
非ポリマー35211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.582, 19.693, 51.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Intermediate compound 10 for maxamycins synthesis


分子量: 1673.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物...
ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.13 % / 解説: colorless block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Slow evaporation from methanol/acetone/CH2Cl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 2000 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月29日
放射モノクロメーター: Double Bounce Multilayer Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.897→25.75 Å / Num. obs: 35666 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.92 % / Rmerge(I) obs: 0.0862 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 0.9→0.92 Å / 冗長度: 2.22 % / Rmerge(I) obs: 0.5394 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1320 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
APEX 2データ削減
APEX 2データスケーリング
SHELXT位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9→25.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.987 / SU B: 0.483 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.016
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT FILE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.132 1772 4.97 %
Rwork0.118 --
obs-35652 99.4 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 10.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.149 Å20 Å20.06 Å2
2---0.118 Å20 Å2
3---0.247 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→25.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数456 0 90 12 558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0390.017558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.018708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9442.649724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4822.4671454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.883524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0450.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2840.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2630.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9740.873152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3110.566104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.920.857120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9130.858121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4680.744406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4660.749407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0771.115604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0751.12605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.23531266
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.9→0.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 108 -
Rwork0.305 2338 -
obs--93.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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