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- PDB-8gjc: X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjc
タイトルX-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35. (ORN)LVFFAED(ORN)GAI(N-Me-Ile)GLM
要素beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
キーワードDE NOVO PROTEIN / oligomer / tetramer / amyloid / Alzheimer's disease
機能・相同性METHIONINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / trifluoroacetic acid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.431 Å
データ登録者Kreutzer, A.G. / Ruttenberg, S.M. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG072587 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: beta-Hairpin Alignment Alters Oligomer Formation in A beta-Derived Peptides.
著者: Ruttenberg, S.M. / Kreutzer, A.G. / Truex, N.L. / Nowick, J.S.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
B: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9608
ポリマ－3,2142
非ポリマー7476
水55831
1
A: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
B: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
ヘテロ分子

A: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
B: beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,92116
ポリマ－6,4284
非ポリマー1,49312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.164, 38.164, 32.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-35 / (ORN)LVFFAED(ORN)GAI(N-Me-Ile)GLM


分子量: 1606.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Molecular Dynamics Morpheus solution containing 0.12M ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5, and 37.5% v/v precipitant mix 4. Molecular Dynamics ethylene glycols mix consists of 0. ...詳細: Molecular Dynamics Morpheus solution containing 0.12M ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5, and 37.5% v/v precipitant mix 4. Molecular Dynamics ethylene glycols mix consists of 0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M penta(ethylene glycol). Molecular Dynamics Buffer System 3 consists of 1 M BICINE and 1 M Trisma Base. Molecular Dynamics precipitant mix 4 consists of 25 % w/v hexylene glycol, 25 % w/v poly(ethylene glycol) 1000, and 25 % w/v poly(ethylene glycol) 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 103.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.431→23.01 Å / Num. obs: 9354 / % possible obs: 97.02 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09013 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 1.431→1.482 Å / Rmerge(I) obs: 1.775 / Num. unique obs: 384 / CC1/2: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W4H

5w4h


解像度: 1.431→23.01 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 7.36 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1807 952 10.18 %
Rwork0.1547 --
obs0.1597 9354 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.431→23.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数226 0 44 31 301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d36.08172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.431-1.510.51781070.5055994X-RAY DIFFRACTION72
1.51-1.60.37361450.3071228X-RAY DIFFRACTION88
1.6-1.720.22981320.19211241X-RAY DIFFRACTION90
1.72-1.90.16951400.15971229X-RAY DIFFRACTION90
1.9-2.170.1661400.15171241X-RAY DIFFRACTION90
2.17-2.740.18891270.12911253X-RAY DIFFRACTION91
2.74-23.010.13811410.12761236X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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